第三世代（2002年11月－2006年8月）[ | ]
寵物小精靈第三世代，又稱超世代，主要在Game Boy Advance上，冒險地圖主要為豐緣地區（紅寶石·藍寶石·綠寶石版）/關都地區&七之島（火紅·葉綠版），包含以下遊戲（以日本發售日期為主）
寵物小精靈 紅寶石·藍寶石版（ポケットモンスター ルビー・サファイア）：使用GBA主機，2002年11月21日發售。
寵物小精靈 火紅·葉綠版（ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン）：使用GBA主機，為紅、綠兩版的重製作，2004年1月29日發售。
寵物小精靈 綠寶石版（ポケットモンスター エメラルド）：使用GBA主機，2004年9月16日發售。
寵物小精靈數目：豐緣圖鑑202種／關都圖鑑151種／全國圖鑑386種
新增寵物小精靈：135種
初選寵物小精靈：木守宮、火稚雞、水躍魚（紅寶石·藍寶石·綠寶石）／奇異種子、小火龍、車厘龜（火紅·葉綠版）
傳說寵物小精靈：雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇魯、拉帝亞斯、拉帝歐斯、蓋歐卡、固拉多、烈空座
幻之寵物小精靈：基拉祈、代歐奇希斯
反派組織：火岩隊、水艦隊（紅寶石·藍寶石·綠寶石版）／火箭兵團（火紅·葉綠版）
從此代開始，除了遊戲畫面出現重大改變，也增加了特性、性格等因素，此外還有寵物小精靈的華麗度，藉此參加華麗大賽。戰鬥新增雙打對戰，環境也受當地天氣影響，戰鬥環境除了可改變寵物小精靈的戰鬥力外，還可以改變招式的效果。