납치당한 포켓몬들의 뒤를 쫓는 지우의 모습으로 이야기가 시작된다
개굴반장과 불화살빈을 꺼내어 포켓몬들을 구출해내려 하지만 침입해온 포켓몬들의 수가 많아 구출에 실패한다.
미끄래곤은 다친 몸을 이끌고 나서지만 침입한 포켓몬들의 공격에 시야가 가려졌고 눈 앞이 보이기 시작한건 포켓몬들이 모두 사라진 이후였다.
영상을 분석하던 시트론은 습지대 안으로 들어가려는 지우에게 로켓단이 습지대 안에 있다는 사실을 알려준다.
습지대 안의 포켓몬들을 로켓단이 이용하고 있을지도 모른다는 것을 안 지우일행은 미끄래곤을 따라 습지대 내부로 들어가고
켄조는 신경쓰이는 것이 있다며 따로 조사를 하겠다고 한다.
로켓단이 피카츄,데덴네,우파를 납치한건 미끄래곤과 대적시 인질로 삼기 위해서였고 플라엣테를 치료하려하는 플라제스를 속이고 있다.
켄조는 습지대의 샘물이 수위가 낮아짐과 동시에 회복효과가 떨어지고있음을 확인하고 조사에 나선다.
동굴 근처에 다다른 지우일행은 앞을 막아서는 포켓몬들을 설득하려하지만 공격받게된다.
시트론과 세레나가 포켓몬들에 맞서고 지우와 유리카가 동굴쪽으로 들어선다.
샘물의 중심부로 들어온 지우일행의 뒤로 플라제스가 나타난다.
샘물의 수위가 낮아지는 원인은 자신들이 아니라고 하지만 로켓단에게 속은 플라제스는 지우를 공격하려 하는데
이 때 큰 굉음과 함께 지반이 흔들린다.
샘물이 전부 사라진 걸 확인한 지우일행의 뒤로 로켓단이 나타나더니 자신들이 샘물을 모두 빨아들였다고 말한다.
플라제스가 샘물을 점거한건 플라엣테를 위해서였는데, 샘물을 빨아들인 로켓단에 의해 플라엣테의 상태가 좋지 않았던 것이다.
메카를 이용해 연막을 펼친 로켓단은 만타인 모양의 비행선을 타고 도망치려한다.
지우는 샘물과 포켓몬을 되찾기위해 미끄래곤에게 자신을 비행선에 던져달라고 한다.
미끄래곤은 뿔의 점성을 이용해 하늘 높이 떠오른 비행선으로 지우를 던지는데 성공하고 플라제스도 메가자리의 등에 올라타 비행선으로 올라선다.
지켜보던 미끄래곤은 용의파동을 지면으로 향해 발사하여 그 반작용에 의해 하늘로 날아올라 비행선에 올라선다.
지우와 플라제스,미끄래곤을 떨어트리기위해 로켓단은 선체를 흔들지만 미끄래곤의 용의파동으로 선체의 벽을 부숴낸다.
비행선 안으로 들어온 지우는 납치된 포켓몬들을 발견하고 미끄래곤이 닫히는 문을 뿔로 열어내지만
포켓몬들이 갇혀진 곳에 다다르기 전 앞으로 로켓단이 나타나 지우일행을 가로막는다.
호바귀와 오케이징에 맞서 미끄래곤과 플라제스가 힘을 합치고 플라제스의 공격에 날아간 호바귀와 오케이징이 포켓몬을 가두던 메카에 부딪쳐 파괴되는 것으로 포켓몬들을 구출하는데 성공한다.
다시한번 더 공격해오는 오케이징과 호바귀를 향해 미끄래곤의 냉동빔과 플라제스의 차지빔이 명중, 그 여파로 로켓단이 하늘로 날아간다.
포켓몬들의 구출과 샘물을 되찾는데 성공하지만 비행선이 추락하는 위기의 상황, 습지대의 메가자리들이 비행선으로 다가온다.
피카츄,데덴네,후파를 올려보낸 후 플라제스를 올려보내려던 순간 비행선의 파이프가 터져버린다.
플라제스를 구하려던 미끄래곤도 비행선을 잡고있던 손을 놓치면서 추락하게 되고 지우도 플라제스와 미끄래곤을 구하기위해 비행선에서 뛰어내린다.
미끄래곤이 플라제스를, 지우가 미끄래곤을 감싸안아 뭉치자 독침붕들이 날아와 받아내려하지만 역부족인 상황에,
미끄래곤의 친구들인 포켓몬들이 동시에 물대포를 쏘아올려 지우와 포켓몬들을 무사히 착지시키는데 성공한다.
동굴 근처의 지대에서 땅을 집어보던 켄조는 샘물이 완전히 메말라버려 포켓몬들의 낙원을 잃어버린 것에 낙담하는데,
그걸 바라보던 미끄래곤에 돌아서서 비바라기로 비를 내리게한다.
비바라기의 비로 습지대에 물이 차오르고 그곳에 플라제스가 그래스필드를 사용해 초목의 힘을주어 습지대를 되살린다.
플라엣테를 돌아온 샘물에 담구자 눈을뜨고 이내 건강해진다.
플라엣테는 플라제스의 손을 잡고 반대손으로 미끄래곤의 손을 잡자 모두가 함께 웃으며 화해한 모습을 확인할 수 있었다.
지우는 미끄래곤의 모든 습지대의 포켓몬들과 즐거워하는 모습을 바라보고 생각에 잠긴다.
해가 떠오르기 시작하고 습지대의 높은 곳에 서있던 지우일행은 즐겁게 놀고있는 포켓몬들을 바라보며 안심해한다.
지우는 미끄래곤이 살아야 할 곳은 이곳, 습지대라며 습지대에 남으라고 말한다.
지우의 말을 들으며 자신을 반겨주는 습지대의 친구들을 바라본 미끄래곤은 눈물을 흘리며 지우를 부등켜안는다.
지우는 스완나에게 떨어져 미끄래곤을 처음만났을 때 부터 지금의 모습처럼 강해지기 까지를 떠올리며 "설령 멀리 떨어진다 해도, 어떤 때라도, 무슨 일이 있더라도, 우리들은 친구야 쭉, 쭉..." 이라 말하며 이별을 고한다.
자신을 무서워했지만 진심을 나눠 친구가 된 데덴네도 미끄래곤에 매달려 서러워한다.
습지대를 떠나며 미끄래곤에게 마지막 인사를 한 지우일행은 후늬시티로의 여행을 다시 시작하는 것으로 이야기가 끝난다.
