미르체육관전을 마친 지우일행은 후늬시티로 향하기 전 플라타느 연구소에 찾아가는 것으로 이야기가 시작된다.
플라타느연구소에선 리모네가 플라타느박사에게 부탁받은 기계를 고치고있었고 플라타느박사는 타월을 리모네에게 건네주며 그윽한 오일향기를 느낀다. 연구를 위해 플라타느박사가 연구소로 돌아가자 지우일행이 연구소로 들어왔고 마침 연구를 시작하려던 플라타느박사는 지우일행에게 연구를 보여주기로 한다.
플라타느박사는 연구에 필요한 물건으로 키스톤과 메가스톤을 보여준다.
메가진화 시키기위한 두 물건이 갖춰졌고 플라타느박사가 할 연구는 이 스톤들이 어떤 포켓몬에 대응하는지 알아보는 것이다.
실험을 위해 기계에 스톤을 올려두며 플라타느박사는 '알랭에게도 보여주고 싶다'고 마음속으로 생각한다.
메가진화에 즐거운 분위기가 되던 참에 한카리아스가 다가오더니 스톤에 관심을 보이듯 기계를 건드려보니
기계가 반응하여 메가스톤이 한카리아스 나이트인 것이 판명된다.
이 때 폭발이 일어나 연구소가 부숴져 달려가보니 로켓단이 나타난다.
연구의 이야기를 모두 도청하던 로켓단은 메카를 통해 한카리아스와 메가스톤,키스톤을 훔쳐 달아난다.
지우는 시트론에게 건네받은 발신기를 도망치는 로켓단의 메카에 던져 붙인다.
로켓단이 빠른 속도로 도망쳐버렸지만 시트론의 메카를 이용해 로켓단의 위치를 추적하여 뒤를 쫓는다.
리모네 또한 이 상황을 모두 목격하고 행동을 시작한다.
한편 로켓단은 메가진화를 시험해보기위해 한카리아스 나이트를 꺼내려하고 오케이징의 환상빔으로 한카리아스 나이트와 발신기가 부착되있는 기계가 파괴되면서 시트론의 기계도 폭발해버린다.
로켓단의 위치를 추적할 수 없게되자 플라타느박사는 차에서 내려 한카리아스를 큰 소리로 외치지만 목소리가 닿지 않는다.
한카리아스는 유도전파에 의해 조종되어 메가진화가 시작된다.
걸어서 로켓단을 찾기시작한 지우일행
플라타느박사는 숲속을 걸으며 한카리아스를 처음만난,
알랭이 마을에서 날뛰던 딥상어동을 데려와 한카리아스가 되기까지의 기억을 떠올린다.
메가진화가 시작된 한카리아스는 유도전파의 영향에서 플라타느 박사와의 추억을 떠올려 메가진화가 무산시키고 크게 소리친다. 한카리아스 울음소리를 들은 플라타느박사는 한카리아스가 있는 방향을 알게된다.
지우일행은 한카리아스의 울음소리를 듣지 못했지만 시트론은 한카리아스와 플라타느박사 사이의 인연에 이유가 있다 말한다.
한카리아스가 저항하고 있다는걸 깨달은 로켓단은 유도전파의 위력을 증가시킴과 동시에 플라타느박사와 지우일행이 도착한다.
더욱 강해진 유도전파가 흘려져 지우일행이 한카리아스를 구하기위해 달려가려하자 번치코가면과 메가번치코가 나타나 로켓단의 메카를 파괴한다.
유도전파의 흐름을 멈춰 플라타느 박사와 한카리아스를 구하지만 메카가 다시 복귀되어 한카리아스가 다시 위기에 빠진다.
한카리아스가 메가진화하면 완전히 로켓단에게 조종됨을 알게된 플라타느 박사는 자신이 먼저 한카리아스를 메가진화시키기위해 번치코가면에게 키스톤을 빌려달라고 한다.
번치코가면은 플라타느박사의 요청을 수락하여 메가번치코의 메가진화를 풀고 키스톤을 플라타느박사에게 넘겨준다.
키스톤을 건네받은 플라타느 박사와 로이가 동시에 한카리아스의 메가진화를 시작하여 두 키스톤이 반응한다.
메가진화한 메가한카리아스는 이상한 상태에 빠져있고 지우일행을 쫓아버리라는 로이의 명령을 듣고 플라타느 박사에게 다가간다.
플라타느 박사가 위기에 처한듯 싶었지만 다가온 메가한카리아스는 키스톤을 쥐고있는 박사의 오른손에 머리를 비비며 어리광을 부린다.
로켓단의 조종에서 풀려난 메가한카리아스는 로켓단의 메카를 부수고 도망치려는 로켓단을 향해
번치코 메가한카리아스피카츄가 공격하여 날려버린다.
플라타느박사가 빼앗겼던 키스톤을 회수하자 메가한카리아스의 메가진화가 풀리고 키스톤과 메가스톤에서 빛이 사라진다.
번치코가면에게 빌렸던 키스톤을 돌려주기전 플라타느 박사는 키스톤에서 그윽한 오일의 향기를 느낀다.
이 때 여경이 현장에 도착하고 번치코가면이 해결해줬다고 말하지만 번치코가면은 모습을 감춘 후였다.
시간이 지나 저녁이 되어 한카리아스와 플라타느박사에게 작별인사를 하고되었고 지우일행은 후늬시티를 향해 여행을 시작하게된다.
다음날 아침
리모네의 가게로 플라타느박사가 찾아온다.
가게에 들어선 플라타느 박사는 그윽한 오일의 향기를 느끼고 전기의 상태가 나쁘냐는 리모네의 말에
메가번치코로 자신의 연구에 협력해주지 않겠냐며 손을 건넨다.
정체가 밝혀져버린 리모네는 조금 멋쩍은 표정을 짓고 박사의 손을 잡아 악수하는 장면으로 이야기가 끝난다.
로켓단 등장 대사[]
로켓단 등장 대사
누구야 너희들!이라고 물으신다면
대답해 드리는게 인지상정
메가진화의 비밀을 파헤치기 위해
메가진화의 힘을 가져가기 위해
사랑과 진실의 메가진화를 관철하는
메가메가 챠밍한 악당
로사 로이!
메가진화를 손에 넣은 로켓단에겐
메가메가 메가진화한 내일이 기다리고 있다.
그렇다냐!