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태초마을에 사는 소년 지우는 포켓몬 트레이너 자격을 얻을 수 있는 10번째 생일의 아침을 맞이했다. 처음 보는 포켓몬과 아직 보지 못한 세계에 대한 동경을 가슴에 품고, 오박사 연구소에서 동료가 될 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 잔 지우에게 남겨진 포켓몬은 인간을 잘 따르지 않는 피카츄였다.
"피카츄, 넌 내가 싫어? 난 네가 좋아!" 옥신각신하면서도 조금씩 우정을 쌓아가는 지우와 피카츄는 여행 떠나는 날, 하늘을 날고 있던 전설의 포켓몬 '칠색조'의 무지갯빛날개를 들고 약속했다…
"언젠가 나랑 같이, 저 녀석을 만나러 가자!"
세계 제일의 포켓몬 마스터를 목표로 여행을 시작한 지우와 피카츄는 여행 중에 트레이너인 다연과 민준을 만나, 칠색조에 관한 전설을 듣게 된다.
"무지갯빛날개에 이끌려 칠색조를 만나는 자, 무지개 용사가 되리라."
어느새 지우의 그림자에 숨어든 수수께끼의 포켓몬 '마샤도'에게 이끌리듯이 칠색조가 사는 천청산으로 향하던 지우와 친구들 앞에 강적이 나타난다.
과연 지우와 피카츄는 무사히 칠색조를 만날 수 있을까!? 여행을 떠나던 날의 약속을 지키기 위해, 지금, 지우와 피카츄가 '진정한 파트너'로 성장해 가는 모험이 시작된다!
20주년 기념 극장판으로, 시기상 등장할 것으로 예상했던 포켓몬스터 썬&문의 극장판이 아닌 무인편의 리메이크 극장판이다. 그러나 원작과 다르게 이슬과 웅이 등장하지 않는등, 무인편 애니메이션과는 다르게 리메이크 되었다.
알로라 지방을 무대로 하는 극장판이 아닌 것은 확실히 알 수 있는데, 그 동안 전설의 포켓몬임에도 불구하고 다른 전설의 포켓몬과 달리 한 번도 모습을 보인적이 없는 칠색조를 중심으로 스토리가 생겼다. 그러나 선공개된 등장인물 중 크로스가 어흥염을 파트너 포켓몬으로 하며, 7세대 들어서 공개되지 않았던 마샤도가 나오는 등 썬&문 극장판이 아주 아니라고는 할 수 없겠으나, 전체적인 스토리와 베이스는 1세대 리메이크로 보는 편이 맞다는 의견이 지배적이다.
포켓몬스터 XY 극장판 시리즈는 다른 시리즈와 다르게 극장판 포켓몬스터가 아닌 Pokémon the Movie라는 명칭을 사용 했었으나, 다시 극장판 포켓몬스터라는 명칭을 사용하기 시작했다.
최초로 제목에 포켓몬 이름이 들어가 있지 않다. 또한 최초로 기존의 여행 멤버가 등장하지 않는 극장판이기도 하다.(다만, 엔딩에선 썬&문을 제외한 역대 여행 멤버가 전부 등장한다.)
작중에서 등장한 지우는 무인편 시절에 쓰던 모자와 썬&문에서 쓰는 모자를 합친것 같이 생긴 모자를 쓰고 있다.