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지우 일행은 여행 도중, 수중 포켓몬 쇼로 유명한 마리나 서커스단의 이자벨과 만나게 된다. 물의 일족의 후손인 이자벨로부터 아크셔 신전에 바다의 왕관이라 불리우는 보물이 숨겨져 있다는 전설을 듣는다. 그러던 중 해적 두목인 팬텀 선장이 습격해 온다. 세계 정복 야망을 품고있는 팬텀 선장은 보물 바다의 왕관을 빼앗기 위해 이자벨 일행이 보호하고 있던 바다의 왕자라고 불리우는 포켓몬의 알을 노리고 있었던 것. 격렬한 싸움 중에 돌연 강렬한 빛을 내뿜으며 알에서 환상의 포켓몬마나피가 탄생한다...
이야깃거리[]
한국에서 루기아의 탄생 개봉 후 5년만에 개봉된 영화이자 대원 더빙판의 마지막 극장판이다.
포켓몬 코리아 재더빙판도 대원판처럼 지켜야 할 존재가 엔딩곡으로 쓰였으나, 대원판과 달리 가사 없이 음악만 나온다.