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얼마 남지 않는 석영리그를 위해 훈련을 하는 지우와 친구들. 피카츄는 식스테일을 상대로 열심히 훈련하고 있다. 그때, 피카츄의 10만볼트와 식스테일 화염방사가 부딪히면서 고대 유적이 발견되고, 그 곳에서 유물을 발견하게 된다. 그때 근처에서 유적을 발굴중이던 발굴단 무리가 유물을 자세히 관찰하게 되고, 웅은 발굴단에게 선뜻 유물을 넘겨준다.
발굴단은 고대 도시 포켓모니아의 흔적을 발견하고 있었으며, 발굴단의 핵심맴버인 고미 박사는 6살 때 포켓모니아 문자를 해독해 학계의 새바람을 불러일으켰으며, 그 실력을 인정 받아 어린나이에 박사가 되었고, 현재는 발굴단의 맴버로 포켓모니아의 흔적을 찾고 있는 것이다.
고미 박사의 발굴단이 발굴한 유물들을 구경중인 지우와 친구들. 한편 로켓단 (3인조)은 발굴단 텐트를 염탐하던 와중, 포켓모니아의 유물을 발굴한다는 말에 돈이 될 수 있겠다며 또다시 눈독을 들인다. 그래서 로켓단은 모두가 잠든 밤, 아보크를 시켜 유물을 찾아내게 되지만, 유물이 반응하면서 아보크가 사라지고, 이에 도망치던 로켓단도 사라진다.
다음 날 아침, 지우와 친구들과 발굴단은 유물을 발견하지만, 유물을 만지던 발굴단장이 사라진다. 유물속을 들여다보던 일행은 로켓단 (3인조)이 있는 것을 보고 깜짝 놀란다. 뒤이어 발굴단원들 마저 사라지고, 이에 이상한 낌새를 느낀 일행이 차안으로 들어가자, 전날밤부터 반응하던 유물들을 비롯 물건들이 마음대로 움직이기 시작하고, 설상가상으로 유물에서 나온것으로 추정되는 거대 팬텀까지 등장하면서, 혼란에 빠지게 된다.
유적지에서 가장 가까운 태초마을마저 위험에 빠질것을 감지한 지우는 피카츄와 함께 태초마을로 가고, 대신 피죤을 꺼내, 롱스톤과 함께 거대 팬텀을 저지하도록 한다. 하지만 거대 팬텀의 알 수 없는 힘에 피죤과 롱스톤 마저 유물속으로 빨려들어가게 되고, 이에 충격을 받은 지우와 친구들은 차로 이동하게 된다. 하지만 차 안에는 알 수없는 힘에 조종당하는 고미 박사가 있었고, 심지어 발견한 두 유물이 결합하더니 안에서 거대 후딘이 소환되었다.
본격적인 거대 팬텀과 거대 후딘의 대결이 시작되고, 이에 지우는 포획하면 사태가 해결될거라는 생각에 몬스터볼을 던지지만 몬스터볼이 파괴되고, 오히려 거대 후딘의 사슬묶기에 걸려들어 모두가 움직일 수 없는 지경에 이르렀다. 이에 유일하게 움직일 수 있는 피카츄가 두 포켓몬들에게 공격을 시도하지만, 오히려 사태가 심각해지고, 싸움의 여파로 푸린이 굴러오게 된다.
푸린을 본 일행은 푸린의 노래하기로 사태를 진정시킬 수 있겠다는 사실에 기뻐하지만, 푸린이 노래를 시작하자마자 종 모양의 유적이 반응하게 되고, 종 모양의 유적에서 거대 푸린이 등장한다. 거대 푸린은 나오자마자 노래를 부르기 시작했고, 거대 푸린의 노랫소리에 두 거대 포켓몬을 비롯한 모두가 잠이 들게 된다.
잠에서 깨어난 일행. 깨어나 보니 거대 포켓몬들은 사라졌고, 로켓단 (3인조)을 비롯한 유물속에 있던 모두가 나와있었다. 고미 박사는 사태의 원인이 된 유물들이 몬스터볼의 기원이 아닐까 추측하고, 그것에 대한 연구를 하기로 한다.
