연분홍시티에 도착한 지우 일행. 봄이는 멋대로 밖으로 뛰어나간 꼬부기를 찾는 도중 오래된 역에서 홍단이라는 할머니와 만난다. 홍단은 남편인 용웅이 먼 마을에서 죽었다는 것을 이해하지 못한채 아직까지도 돌아오는 것을 역에서 기다리고 있다. 두사람의 이별은 십수년전의 일이라고 한다. 우연히 그 시대로 시간이동을 하게 된 봄이와 나옹이는 용웅의 목숨을 구하고자 하는데...
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지우와 친구들은 다음 여행을 준비하기 위해, 연분홍시티포켓몬센터에 머물고 있다. 웅이 새로 얻은 꼬지지에게 우유를 먹이고 있을때, 간호순이 다가 온다. 여느때와 같이 웅은 간호순에게 작업을 건다. 이때 질투심이 난 꼬지지가 웅에게 돌진하고, 웅은 바닥에 자빠진다. 이런 소동속에 봄이의 먹고자가 꼬지지의 우유를 다 먹어 치운다. 간호순의 인도로 웅은 꼬지지를, 정인은 먹고자를 데려간다. 반면, 지우는 피카츄를 데리고 훈련하러 나가고, 봄이의 꼬부기가 지우를 따라 바깥으로 나가 버린다. 봄이는 꼬부기를 쫒아 가게 된다.
한편, 로켓단은 흩어져서 지우와 친구들의 포켓몬을 탈취하기로 하고, 로사는 지우를, 로이는 웅과 정인을, 나옹은 봄이를 쫒아 간다.
꼬부기를 쫒아 오래된 고목 앞, 낡고 폐쇠된 역에 들어가는데 이 곳에서 홍단 할머니를 만나게 된다. 갑자기 비가 내리고, 손녀 은실이 우산을 갖고 온다. 은실은 봄이에게 과거 할머니 이야기를 해준다. 용웅 할아버지가 포켓몬 양육에 대한 공부를 하기 위해 도시로 갈려고 마음을 먹고, 홍단에게 같이 가자고 한다. 하지만, 홍단은 같이 가지 못하고 비 내리는 날 마을을 떠나는 용웅에게 달려가지만, 이미 기차는 떠나 버린 후다. 도시로 간 용웅 할아버지는 도시로 간지 1 년 후에 교통 사고로 죽게 된다. 이 당시 홍단은 용웅의 아이를 밴 상태라 그 이야기를 용웅에게 했더라면, 떠나지 않았을 꺼라고 한다. 비가 아니라 눈이 왔으면 기차의 출발이 늦어져서 이야기를 할 수가 있었을 거라고 한다. 나옹은 이 이야기를 몰래 듣고 눈물을 흘린다.
포켓몬 센터로 돌아온 봄이는 간호순에게 알이 곧 부화 할꺼라는 이야기를 듣는다. 부화 준비를 하는 중 꼬부기가 또 사라져, 역으로 간다. 거기서 나옹도 만나고, 홍단 할머니가 잃어버린 팬던트를 찾게 된다. 팬던트를 손에 쥐는 순간, 봄, 나옹, 꼬부기는 과거로 가게 된다.
마침 용웅 할아버지가 기차를 타고 떠나려는 순간인데, 봄이가 이를 말릴려고 하나 역무원들의 제지에 역에서 쫒겨 나게 된다. 봄이는 나옹을 꼬셔서 기구를 만들어 하늘로 올라가서 꼬부기의 냉동빔으로 내리는 비를 눈으로 바꾸게 된다. 눈이 쌓이자 기차의 출발이 늦어지게 되고, 홍단 할머니가 와서 임신 사실을 이야기하고 용웅은 홍단과 함께 마을로 돌아간다. 마침, 역 앞에 나무에 볼비트와 네오비트가 모여서 구애의 춤을 하고, 나무에 행복의 빛이 들어온다. 순가, 봄이는 현재로 돌아오게 된다.
현재로 돌아온 순간, 역은 활발히 운영중이고, 역 앞 고목도 아직 싱싱히 살아있음을 보게 된다. 지우가 나타나 알이 부화 될꺼라고 이야기하고, 봄이는 지우와 함께 포켓몬센터로 돌아간다. 알의 부화를 돕기 위해 키우미 집을 운영하는 용웅과 홍단, 그리고 은실이 오게 된다. 알은 부화를 해서 이브이가 된다.