루비·사파이어에서는 2 층과 4 층에 금이 간 바닥이 있기 때문에, 탑을 완전히 탐험하려면 마하자전거가 필요하다. 에메랄드에서는 루네시티에서의 이벤트를 보고 처음 갔을 때, 4 층에서 3 층으로 떨어지는 구간을 제외하고는 금이 간 바닥이 없어서 쉽게 올라갈 수 있다. 하지만 그란돈과 가이오가를 진정시키고 다시 오면 루비·사파이어와 마찬가지로 바닥에 균열이 생겨 있어 마하자전거를 타야 한다. 맵은 6 층을 제외하고는 루비·사파이어와 같으며, 야생 포켓몬들의 레벨은 보다 낮다.
안으로 들어가면 피아나를 만날 수 있는데 그녀는 주인공을 앞서나가며 매 층마다 벽에 그려져있는 벽화에 대해 설명하며 레쿠쟈 역사에 대해 들려주는 이벤트가 발생한다.
그 내용으로는, 수천년전 자연의 에너지로 원시회귀한 그란돈과 가이오가때문에 사람들이 고통을 받고 있는데 그때 운석이 떨어져 유성의 폭포가 생성되었고 그곳에 레쿠쟈가 나타나 원시회귀한 그란돈과 가이오가를 잠재웠으나 천년 후 또다시 운석이 떨어져 바다를 갈라버리며 생긴 자연의 에너지로 인해 그란돈과 가이오가는 다시 원시회귀를 하게 되었는데 이때 떨어진 운석은 일곱빛깔로 빛났으며 그 때 천공에서 레쿠쟈가 나타났고 사람들의 기도를 받은 레쿠쟈는 모습이 변했다고한다. 모습이 변한 레쿠쟈는 압도적인 힘으로 원시회귀한 그란돈과 가이오가 잠재웠고 그 후 천년동안 평화로운 시대가 지속되었지만 유성의 민족은 과거 2번보다 큰 규모의 운석이 떨어질것이라고 예언했고 별의 위기를 막기위해 그 동안의 역사를 통해 지혜를 얻은 자들은 먼저 레쿠쟈를 강림시켜 그 힘으로 운석을 막아 세계를 구할 계획을 세웠다고 한다.
마지막 층에서 사다리를 타고 올라가면 에피소드의 클라이맥스에 다다르게 된다. 탑 정상에 도착하면 피아나는 그 동안 모아온 키스톤을 사용하여 레쿠쟈를 부르는 의식을 진행하게 된다. 그리고 드디어 레쿠쟈가 모습을 드러내고 세계를 구원할 진정한 모습인 메가진화를 시키려 하지만 이상하게도 피아나의 키스톤은 반응하지 않고 이는 아직 레쿠쟈의 힘이 부족한 탓이라고 생각한 피아나는 크게 좌절하게 되는데 그때, 주인공이 지니고 있던 운석이 갑자기 빛나기 시작하고 그 운석을 본 레쿠쟈는 격렬하게 반응하면서 주인공이 갖고 있던 운석을 삼키게 된다. 피아나는 레쿠쟈가 자신에게 힘을 부여한 주인공을 시험하려 하고 있다면서 맞서 제압하라고 한다.
이벤트가 끝나면 레쿠쟈와 배틀할 수 있게 되는데 이때 반드시 포획해야만 진행이 가능하다. 포획 후, 피아나는 레쿠쟈가 진정한 모습으로 열쇠인 화룡점정기술을 레쿠쟈에게 가르쳐준다. 그리고 마지막 전승을 시작하겠다며 주인공에게 배틀을 걸어온다.
배틀이 끝나면 주인공은 운석을 해결하기 위해 마그마슈트ΩR/아쿠아슈트αS을 갈아 입은 후 레쿠쟈를 타고 우주로 향하게 된다. 우주에 도달한 후 레쿠쟈는 메가레쿠쟈로 변신하고 접근해오는 운석을 향해 돌진해서 산산조각을 내버린다. 그리고 깨진 운석안에 있던 정삼각형의 돌이 이리저리 움직이다가 붉은모습으로 변하더니 그 안에서 촉수가 나오면서 운석안에서 환상의 포켓몬테오키스가 등장하게 된다. 그리하여 메가레쿠쟈와 테오키스의 대결이 시작되는데 이 때 테오키스를 포획할 수 있다.