옥유마을 북서쪽에 위치해있으며 플레어단의 활동에 중추적인 본부 역할을 하는 곳이다. 비밀기지 지하 가장 깊은 곳에서는 제르네아스X/이벨타르Y를 잡을 수 있다
이벤트[]
이 문서, 또는 단락은 스포일러를 포함하고 있습니다. 문서를 읽을 시에는 스포일러에 주의하십시오.
플라드리 래버러토리에서 플레어단의 비밀병기가 기동된 후 플레어단 비밀기지 지하에서 플라드리를 만날 땐 이 계획을 위해 무고한 포켓몬들과 사람들이 희생되는 것에 대해 눈물을 흘리기도 한다. 하지만 자신들의 정의를 위해서라면 무고한 생명이 어쩔 수 없이 희생될 수밖에 없다면서 계획을 밀어붙인다.
이후 내부에서 잠들어 있던 제르네아스/이벨타르가 부활하고, 플라드리는 최종병기를 완벽히 가동하기 위해서는 부활한 전설의 포켓몬의 힘을 다시 한 번 최종병기에 주입해야 한다면서 공격해 온다. 이를 물리치면 플라드리는 X버전에서는 에너지가 부족하긴해도 한번 정도는 사용할수있다며 최종병기의 에너지로 너와 내가 영원한 생명을 얻은 다음 언젠가 멸망할 이 세상의 마지막을 함께 지켜보자며 최종병기를 가동, 플레어단 비밀기지는 결국 무너지고 만다. 다행히도 주인공 일행은 전원 무사했으며, 플라드리는 생사불명. Y버전에서는 최종병기도 나와 같이 덧없이 핀 꽃이라며 아직 최종병기를 쓸 에너지가 남아있다며 똑같이 발사하나 역시 실패한다.