지우 일행과 이슬, 오박사가 닥터융이 보낸 초대장을 받고 연구소에 온다. 지우와 이슬이 차례로 닥터융의 미라주 보스로라와 시합을 하던 중에 미스터 미라주가 나타나 닥터융의 미라주 시스템을 해킹해서 자기것으로 만든후 닥터융과 오박사를 납치한다. 지우일행은 오박사를 구하기 위해 연구소에 들어가지만 미라주 포켓몬들에게 걸리고, 피카츄가 미스터 미라주에게 붙잡히게 된다. 그후 미스터 미라주는 기계로 피카츄가 만난 전설의 포켓몬들(무인편 극장판 주역들)에 대한 기억을 이용해서 미라주 포켓몬을 늘린다.(이중 3마리만 만듬) 이때 오박사는 피카츄가 괴로워하는걸 보고 싶지 않아서 최강의 포켓몬(뮤츠)를 만드는데 필요한 비밀번호를 입력해버리고, 그후 미라주 시스템이 없는 연구소 밖으로 나오면 미라주 포켓몬의 공격을 피할 수 있다고 생각한 지우일행은 밖으로 도망치지만 미스터 미라주가 연구소 밖에도 미라주 시스템을 설치해버려서 미라주 포켓몬의 활동 범위가 넓어지자 지우일행은 할 수 없이 미라주 전설의 포켓몬들과 싸움을 하게 된다. 이때 미스터 미라주의 정체가 닥터융이고, 처음 나타난 미스터 미라주는 홀로그램이었다는걸 오박사가 추리해서 밝혀낸다. 다른 미라주 포켓몬들과 다르게 미라주 뮤는 닥터융에게 조종당하지 않았는데 닥터융은 뮤를 불량품으로 보고 뮤츠를 이용해서 뮤를 없애버린후 데이터를 흡수한다. 그후 미라주 시스템을 모조리 뮤츠에게 투입해서 지우일행과 싸우던중 뮤가 뮤츠의 몸에서 나와 뮤츠의 움직임을 마비시킨다. 이틈을타서 피카츄가 볼트태클로 뮤츠를 공격하면서 뮤와 뮤츠는 소멸되고 미라주 기계도 파괴된다. 그후 끝까지 야망을 접지 못한 닥터융은 혼자 불타고 있는 연구소에 들어가다 행방불명된다.