스페셜 에피소드는 극장판은 아니나 극장판과 비슷한 애니메이션이다.
성도 편
| 화수 | 섬네일 | 한국 제목 | 일본 제목 | 한국 방영일 | 일본 방영일
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| 뮤츠! 나는 여기에 있다 | 
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뮤츠! 나는 여기에 있다 | 帰ってきた ミュウツー 뮤츠! 나는 여기에 있다 |
2012년 4월 20일 |
1999년 | |
| 라이코 번개의 전설 | 파일:라이코 번개의 전설 이미지.png | ' | ポケットモンスタークリスタル・ライコウ 雷の伝説 포켓몬스터 크리스탈 라이코우 번개의 전설 |
미방영 | 2001년 12월 30일 | |
호연 편
| 화수 | 섬네일 | 한국 제목 | 일본 제목 | 한국 방영일 | 일본 방영일
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| 전율의 미라주 포켓몬 | 
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전율의 미라주 포켓몬 | 戦慄のミラージュポケモン 전율의 미라주 포켓몬 |
2013년 12월 30일 |
2006년 10월 13일 | |
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