옛날에 일어난 포켓몬들간의 전쟁 때 아론이 루카리오를 지팡이의 돌장식에 봉인한 이후부터 루카리오는 아론에 대한 배신감으로 괴로워한다. 봉인이 풀린 후 아론과 파동이 똑같은 지우를 잠시 아론이라고 착각한다.
뮤가 피카츄&나옹을 납치한 후엔 피카츄를 구하기 위해 지우일행과 같이 세계가 시작하는 나무로 향한다. 하지만 지우일행을 막는 전설의 골렘과 백혈구 같은 존재들 때문에 피카츄를 구하기 어려워진다.
지우는 겨우 피카츄를 만나지만 백혈구같은 존재들이 지우를 삼키고 이를 보며 눈물을 흘리는 지우의 포켓몬들을 본 뮤는 이들을 가엾게 여겨 세계가 시작하는 나무에게 인간은 세균이 아니라는 것을 가르쳐 주지만 힘을 많이 써서 병에 걸리고 만다.
루카리오와 지우는 뮤에게 파동으로 치료해 주지만 루카리오는 지우를 죽게하지 않기 위해 도중에 지우를 밀치고, 혼자서 뮤에게 파동을 주고 일을 마무리한다.
쓰러지기 전, 시간의 꽃을 통해 아론이 루카리오를 지키기 위해 지팡이의 돌장식에 봉인했다는 걸 알게된 루카리오는 눈물을 흘리며 자신이 어리석었다는 것을 깨닫는다. 지우는 루카리오를 위로해주고 루카리오는 자신이 있어야 할 시간대, 과거로 돌아가 죽어가던 아론과 재회해 아론을 살려낸 뒤 올드런 성으로 돌아간다.
이후 엔딩에서 초콜렛을 건네주며 웃음짓는 것을 보면 오해는 완전히 풀린 듯, 둘의 사이는 다시 완벽히 이전으로 돌아간 듯 하다.
: 더이상 사용하지 않는 기술
