Le origini del Team Rocket sono ancora avvolte nel mistero al giorno d'oggi dato che i file riguardo le prime attività dell'organizzazione sono andati perduti o distrutti intenzionalmente, nonostante ciò, c'è molto da dire riguardo quest'organizzazione spietate e dominante. Il Team Rocket fu originariamente fondato dalla madre dell'uomo che ha poi trasformato l'organizzazione in un impero del crimine partendo da una piccola società di contrabbando di droga, ma dopo che una malattia l'ha costretta a cedere il comando a suo figlio Giovanni, il team decollò nella società del crimine. Anziché sprecare il suo tempo con la droga, Giovanni ebbe grandi progetti e decise di puntare ad un bene molto più proficuo: i Pokémon. Il traffico illegale di Pokémon non era raro ai tempi, ma il più delle volte si trattava solo di piccoli furti, e molto di rado il proprietario perdeva per sempre il proprio Pokémon. Quando Giovanni salì al potere, il Team Rocket iniziò a rubare Pokémon di ogni tipo e in gran quantità, per poi venderli al miglior offerente a prezzo maggiorato, portando un enorme profitto. I veri aquirenti di questi Pokémon andavano da clienti facoltosi desiderosi di Pokémon rari o semplici scienziati che avevano bisogno di cavie economiche e durature per qualsiasi esperimento volessero condurre. Nel giro di pochi anni Giovanni riuscì a portare il Team Rocket al suo massimo potenziale, creando la più grande organizzazione criminale di tutta l'Asia. Dopo un po', Giovanni decise di fare un salto di qualità, e iniziò a diffondere l'influenza del Team Rocket in vari settori del mercato, fondando il Casinò Rocket (che altro non era che una facciata che nascondeva il loro quartier generale nei piani inferiori) ad Azzurropoli, o occupando il Ponte Pepita a nord di Celestopoli, usandolo come ufficio di reclutamento improvvisato. Per un po', sembrava che il Team Rocket stesse diventando sempre più forte con il passare del tempo.
Tuttavia questo incubo non finì come pensava Giovanni, grazie all'intervento di un noto allenatore di nome Rosso. Quando Rosso iniziò il suo viaggio, il Team Rocket era all'apice della sua potenza e stava rapidamente prendendo il controllo su tutta la regione di Kanto. Nonostante non abbia deciso intenzionalmente di fermare il Team Rocket, Rosso si è spesso imbattuto nei membri dell'organizzazione arrivando a non prendere troppo bene il loro operato. Il suo primo incontro con il Team Rocket avvenne al Monte Luna, dove riuscì ad impedire ad una piccola squadra di reclute di rubare dei fossili rari. Non molto tempo dopo, riuscì a sgominare il membro che aveva preso il controllo del Ponte Pepita per poi sventare un tentativo di furto con scasso in una casa di Celestopoli, dove un membro cercò di fuggire con un MT rubata. Successivamente Rosso, visitando il casinò, inizia a notare qualcosa di sospettoso, affrontando una delle guardie dell'edificio e trovando il quartier generale sotto di esso dove si imbatte per la prima volta in Giovanni, che essendo anche un allenatore esperto sconfigge malamente Rosso. Giovanni riuscì a fuggire dalla città prima che le autorità locali potessero arrestarlo, nonostante ciò, il ragazzo riuscì ad impossessarsi di una Spettrosonda, un macchinario che serviva a vedere attraverso le illusioni dei Pokémon Spettro della Torre Pokémon di Lavandonia. Laggiù Rosso si imbatté in uno spettacolo agghiacciante, per ottenere teschi di Cubone, un gruppo di reclute dell'organizzazione aggredì l'uomo responsabile della manutenzione della torre, Mr. Fuji, che fu preso in ostaggio nell'ultimo piano della torre, dove uccisero una Marowak che vive lì che stava difendendo il suo cucciolo di Cubone, il quale era stato preso di mira. Qui Rosso riuscì ad intervenire e a porre fine a quell'attività, nonostante i danni già fatti. Dopo gli arresti avvenuti in quell'occasione, Giovanni tentò il tutto e per tutto attaccando la Silph S.p.A. con un folto battaglione di reclute, prendendo in ostaggio il presidente della Silph S.p.A. imponendogli di consegnargli la Master Ball, una Ball speciale ancora in fase di prototipo, ma degna di nota per la possibilità di catturare qualsiasi Pokémon senza fallire. Rosso fece irruzione nell'edificio nella speranza di porre fine a quella follia una volta per tutte, e nonostante l'organizzazione e Giovanni usarono contro di lui tutto ciò che avevano, alla fine riuscì a scacciarli, portandola sull'orlo della distruzione.
Come se non bastasse, un progetto che Giovanni finanziò, andò storto in più modi. Pochi anni prima che arrivasse all'apice del suo potere, iniziò un progetto di clonazione top secret da parte dell'allora Dottor Fuji (lo stesso Mr. Fuji che si prendeva cura dei Pokémon vivi e morti della Torre Pokémon) che avrebbe cambiato il mondo oltre ogni immaginazione. Giovanni, il leader del Team Rocket, all'apice della sua forza, assunse Fuji e gli diede l'incarico di usare i suoi test sulla clonazione non testati per qualcosa che desiderava da anni, creare il Pokémon più potente di tutti. Ufficialmente gli commissionò un clone potenziato di Mew, uno dei primi Pokémon della storia e una delle più strabilianti creature in termini di versatilità di capacità combattive. Questo progetto fu inizialmente ritenuto impossibile visto che l'esistenza di Mew all'epoca non era neppure comprovata, ma in seguito ad una spedizione nella regione di Guyana dove riuscirono a trovarla in una rovina abbandonata, ciò diede iniziò al famigerato Progetto Mewtwo ed in seguito all'"Incidente di Mewtwo".
C'è però altro da aggiungere riguardo questa storia, lo scienziato alle dipendenze di Giovanni non seguiva i suoi ordini solo perché era il suo lavoro, ma anche per riavere la sua famiglia. Per ragioni ignote, la figlia di questo scienziato morì in maniera tragica in tenera età, e se il progetto fosse stato un successo, avrebbe ripristinato la sua famiglia e forse salvato almeno una parte dell'umanità rimastagli a causa degli orribili esperimenti che stava eseguendo. Terrorizzati dalla sfida, il Dr. Fuji e i suoi colleghi iniziarono un lungo processo iniziando a clonare a partire dal DNA del soggetto creando però copie futili. In risposta, gli scienziati iniziarono a manipolare fisicamente il Pokémon originale nel tentativo di trovare un modo per creare un clone vivente sia stabile che più forte dell'originale. Nel processo furono anche generate altre vite che morirono prima ancora di poter vivere, ma alla fine riuscirono a dare alla luce il clone desiderato (il 6 febbraio), il quale fu poi chiamato Mewtwo, nello stesso periodo gli scienziati stavano sperimentando su altri quattro cloni, di un Bulbasaur, di un Charmander, di uno Squirtle e della figlia del Dr. Fuji, soprannominata Ambertwo. Dai registri rinvenuti sembra che Mewtwo (all'epoca con sei mesi di vita) ebbe un breve contatto psichico con i quattro prima che avvenisse la tragedia che li strappò via, pochi istanti dopo che il piccolo Mewtwo fece amicizia con loro, e fu costretto a vederli scomparire per sempre dato che morirono tutti poco dopo essersi stabilita questa connessione psichica. Ciò causò una reazione a catena d'energia psichica che richiese una grossa dose di tranquillanti per calmarlo e stabilizzare le sue onde cerebrali. Indipendentemente dal metodo, quei cloni non sarebbero comunque sopravvissuti visto che solo il codice genetico di Mew può sopportare le alterazioni genetiche richieste per il processo di clonazione sviluppato dal Dr. Fuji. Nonostante molti scienziati ritengano che Mewtwo abbia scordato questo evento dopo il suo risveglio, in realtà un rimasuglio di questo ricordo può essere uno dei motivi della ferocia e dell'odio che manifestò ai suoi creatori una volta risvegliato.
Quasi un anno dopo avviene un incidente inaspettato che cambiò la storia del mondo: Mewtwo si risvegliò prima del previsto. Nonostante Fuji avesse da tempo rinunciato alla speranza di recuperare la sua famiglia, lealmente (e forse stupidamente) continuò a studiare e a lavorare su Mewtwo, sperando che almeno quella parte del progetto avesse successo. Il suo desiderio si realizzò inaspettatamente un giorno come un altro, le onde cerebrali di Mewtwo iniziarono ad agitarsi a ritmi incredibili... portandolo a risvegliarsi facendo esplodere il tubo di vetro che lo conteneva, ma Mewtwo si ritrovò ignorato dagli scienziati, nonostante fosse confuso e pieno di domande. Forse conservando un rimasuglio dei suoi ricordi nel cuore, Mewtwo non sopportò il fatto che i suoi dubbi fossero ignorati e distrusse prontamente il laboratorio che lo aveva ospitato, questa struttura era conosciuta come Villa Pokémon, prima della distruzione dell'Isola Cannella a causa di un'eruzione vulcanica. Poco dopo la distruzione del laboratorio, Mewtwo incontrò faccia a faccia l'uomo responsabile della sua creazione, Giovanni, il leader del Team Rocket. Giovanni usò subito la sua carta vincente, offrendogli di dargli uno scopo nella vita se fosse diventato suo socio, e non comprendendo le sue intenzioni, Mewtwo accettò. Per circa 14 mesi Giovanni iniziò ad addestrare e usare Mewtwo per i suoi scopi, ma quando quest'ultimo vide che neppure l'uomo sapeva rispondere al motivo della sua esistenza, fuggì, dando inizio all'"Incidente di Mewtwo". Anni fa, un gruppo di giovani ragazzi fu invitato ad una festa in cui avrebbero avuto l'occasione di affrontare l'allenatore più forte a New Island, ma al loro arrivo scoprirono con orrore che l'allenatore era Mewtwo, un Pokémon che incerto sul motivo della sua creazione e sul cosa fosse, decise di scoprirlo per conto proprio; avendo sconfitto gli invitati, Mewtwo catturò i loro Pokémon per clonarli e costringerli a combattere fra loro. Durante il conflitto tuttavia apparve Mew, che iniziò a combattere contro il suo confuso figlio finché uno degli allenatori presenti, cercando di fermali, fu investito dalle energie psichiche di entrambi i Pokémon, portandolo quasi a morire. Cosa accadde poi non è del tutto chiaro: sembra che quell'atto eroico abbia in qualche modo commosso i Pokémon originali e clonati, portando anche un legame psichico che salvò il ragazzo; Mewtwo quindi comprese che ciò che voleva fare era sbagliato e abominevole e pentito se ne andò assieme a Mew e agli altri cloni. Pochi anni dopo sembra si avvenuto un secondo incidente che coinvolgevano Mewtwo e il Team Rocket nella regione di Johto, sebbene i suoi dettagli siano ancora più scarsi, probabilmente a causa della capacità della creatura di alterare i ricordi altrui.
Ad ogni modo, in seguito ai fallimenti e alla fuga del Pokémon da lui commissionato, a Giovanni rimase un chiodo fisso, assicurarsi che Rosso non vedesse la luce del prossimo giorno. Come previsto, tale opportunità gli si presentò quando il ragazzo fece ritorno a Smeraldopoli per ottenere la sua ultima medaglia, ma lì scoprì che la Palestra non era altro che la base originaria del Team Rocket, prima che Giovanni alterasse l'organizzazione, il che significava che Giovanni, specializzato nel tipo Terra, era il più forte Capopalestra di Kanto. Entrambi combatterono ferocemente fra loro, ma nonostante tutta la sua esperienza, ormai l'uomo non poteva più avere la meglio su Rosso, il quale ottenne la sua ultima medaglia per la Lega di Kanto. Incapace di sopportare tale sconfitta, Giovanni perse la testa, e comprendendo che se un solo allenatore potesse sconfiggere, allora era lui l'anello debole della sua stessa organizzazione. Con tale realizzazione, Giovanni compie l'atto più grosso della sua carriera e scioglie il Team Rocket, per poi partire in un viaggio per allenare sé stesso e migliorarsi per diventare almeno forte quanto l'allenatore che distrugge il lavoro di una vita.
Nonostante tutto, ciò non pose fine agli incontri che Rosso ebbe con il Team Rocket. Un piccolo gruppo di reclute del Team Rocket, occupò un magazzino (il quale era pieno di Pokémon rubati) a Quintisola al Settipelago, ignari dello scioglimento del Team Rocket essendo stati isolati da Kanto. Questo particolare gruppo aveva l'incarico di sviluppare programmi e tecnologie con lo scopo di accelerare l'evoluzione Pokémon, e al tempo stesso erano alla ricerca di un Rubino e uno Zaffiro al Settipelago da vendere al miglior offerente, e nonostante di solito tali furti tendono ad essere troppo irrilevanti da smuovere l'organizzazione, girava voce di due di queste pietre preziose di enormi dimensioni, voce ben diffusa nella zona. Rosso riuscì a recuperare il leggendario Rubino e (assieme all'aiuto della Superquattro Lorelei) sgominò alcune reclute alla Grotta Gelata (all'epoca uno dei pochi luoghi al mondo noti per essere habitat dei Lapras), mentre uno scienziato assoldato dal Team Rocket prese possesso dello Zaffiro, ma lo riportò al magazzino Rocket, così che Rosso pote inseguirlo fino alla zona dove si scontrò contro i due tenenti, nonché membri più importanti al momento, Archer e Atena. Nonostante agli inizi fossero increduli sullo scioglimento del Team Rocket, ma vedere la Medaglia Terra in possesso del giovane fu sufficiente a convincerli ponendo fine alle attività del gruppo del Settipelago (in modo che Rosso riuscì a recuperare lo Zaffiro dandolo alle mani affidabili di Celio).
Dopo lo scioglimento del Team Rocket, molti suoi membri furono catturati ed arrestati, ma una grossa parte dell'organizzazione rimase nascosta. Dopo tre anni di preparativi, i quattro membri più fedeli di Giovanni, noti come i Luogotenenti Rocket, organizzarono il gran ritorno dell'organizzazione nella vicina regione di Johto, luogo dove riuscirono a lavorare in segreto per un po' senza allertare le autorità locali (cosa non più possibile a Kanto). Il Tenente Milas ebbe l'incarico di tagliare le code Slowpoke del Pozzo Slowpoke ad Azalina per rivenderle (dato che l'organizzazione aveva bisogno di mezzi di guadagno). I Tenenti Maxus ed Atena invece furono i responsabili per stabilire la nuova base a Mogania, la quale ospitava anche un potente emettitore radio che forzava l'evoluzione Pokémon (tecnologia possibile grazie al loro operato nel Settipelago, in modo che potessero rivendere Pokémon completamente evoluti rapidamente incuranti di eventuali effetti collaterali dovuti all'evoluzione forzata), mentre Archer, il nuovo "leader", controllava tutte le operazioni nell'ombra, assicurandosi che tutto andasse secondo i piani. Come fece Rosso con Giovanni però, un giovane allenatore di nome Armonio, mise in fumo la loro attività al Pozzo Slowpoke, mandando su tutte le furie il Tenente Milas, il quale avvertì gli altri Tenenti che si erano fatti un nemico, anche se non sapevano ancora chi fosse. Lo stesso allenatore poi riuscì a sventare i piani del "Neo" Team Rocket alla loro base a Mogania, ma non senza aiuti. I segnali radio che Maxus e Ariana stavano usando serviva per forzare l'evoluzione dei Magikarp al Lago d'Ira, ma tali esperimenti stavano diventando più pericolosi che utili, specialmente quando fu evoluto un Magikarp cromatico, il quale andò su tutte le furie e quasi distrusse tutto ciò che circondava il lago da solo. Il Campione della Lega di Johto, Lance, si rese conto di cosa stesse succedendo ed iniziò a studiare le mosse del Team Rocket, scoprendo l'ubicazione della loro base per poi allearsi con Armonio, riuscendo a sconfiggere Maxus e Atena e a spegnere l'emettitore, il quale era alimentato da sei Electrode. Furioso per tale sconfitta, Archer diede l'ordine di invadere la Torre Radio di Fiordoropoli prendendo chiunque vi fosse all'interno come ostaggio. Maxus si travestì e si spacciò per il direttore della Torre Radio, iniziando a inviare trasmissioni di propaganda pro Team Rocket, mentre il resto dell'organizzazione faceva del suo meglio per assicurarsi che nessuno entrasse nell'edificio finché Archer non avesse portato a termine il suo vero obiettivo, contattare Giovanni. Attraverso un travestimento e varie lotte, Armonio, non molto dopo aver aiutato Lance, riuscì ad entrare nella Torre Radio dove sconfisse i tre Tenenti affrontati in passato e poi il Tenente Archer, che lo affrontò personalmente. Archer dopo la sconfitta iniziò a realizzare perché Giovanni se ne fosse andato, capendo che anche insieme agli altri tre Tenenti non era in grado di mantenere salda l'organizzazione contro un unico allenatore determinato. Perciò, Archer fece lo stesso del suo ex-leader, e sciolse il Team Rocket. Nonostante ciò, ci fu un incidente a Kanto che coinvolgeva un pezzo di treno rubato che pare sia ricollegato ad un membro del Team Rocket, ma durò meno di un giorno e quando accadde, l'organizzazione era ormai del tutto andata. E' ignoto se Archer sia mai riuscito a contattare Giovanni in seguito, ma se l'uomo ha davvero ricevuto il messaggio, probabilmente ha scelto di ignorarlo. Come Giovanni, i quattro Tenenti fuggirono e da allora non si hanno più loro notizie, mentre la maggior parte dei membri del Team Rocket è oggi agli arresti.
Anni dopo, nonostante abbia dell'incredibile, ci fu un evento che dimostrò che il grande Team Rocket non era così facile da sconfiggere e si riformò più grande e potente che mai. Il ritorno del Team Rocket avvenne nella regione di Alola e fu scoperta dal Capitano Chrys notando un malfunzionamento del Festival Plaza, cosa dovuta al fatto che l'organizzazione aveva preso controllo della realtà virtuale, dove la struttura centrale fu rimpiazzata da un castello nero creato tramite hackeraggio e riprogrammazione per adattarla per i loro fini. Anche se Chrys non riuscì ad accedervi nonostante i suoi diritti di amministratore per cercare di fermarli, Elio, un allenatore amico di Chrys, lo aiutò a sconfiggere i membri nel posto dandogli il tempo di hackerare il Festival Plaza e riportarlo alla normalità per poi bannare gli invasori. Ciò però si rivelò solo uno stratagemma che fungeva da diversivo. Nell'Æther Paradise nel frattempo, durante un'intervista alla direttrice Samina, nella quale lei spiegava come avrebbe migliorato la vita dei Pokémon della regione, lei e i suoi dipendenti furono attaccati dal Team Rocket, prendendo lei e tutti i presenti in ostaggio, mentre la sua villa divenne il Castello Rocket. Quando Elio arrivò sul posto per indagare sugli accaduti, scoprì che il capo filiale della Fondazione Æther, Vicio, era dietro sia al diversivo che all'attacco vero e proprio, il quale aveva agito per trarre vantaggio alla propria carriera, vedendo il Team Rocket come un'organizzazione superiore che vale la pena servire. Nonostante il giovane allenatore, assieme alla figlia di Samina, Lylia, riuscirono a sconfiggere Vicio e i suoi tirapiedi, una volta entrati nel castello con orrore scoprirono che l'organizzazione contro cui combattevano non era più il vecchio Team Rocket, ma si era alleato con altre organizzazioni che avevano chiamato quell'alleanza di "Rainbow Rocket", questo perché il leader del Team Rocket, il Giovanni di un altro universo, riuscì a copiare le firme energetiche di Necrozma quando questo si risvegliò ed invase il nostro universo durante l'Ultra Crisi, riuscendo così ad aprire Ultravarchi da cui contattare e allearsi con altre organizzazioni criminali di altri universi in cui ciascuno di loro avevano portato a compimento i loro piani senza che nessuno riuscì a fermarli. Nonostante l'enorme potenza di quell'alleanza, c'era un grosso difetto, visto che i leader degli altri gruppi o avevano obiettivi contrastanti o erano all'oscuro dell'alleanza con le altre organizzazioni, visto che ciascuno collaborava solo per mettere le mani sulla tecnologia della Fondazione Æther per i propri scopi. L'allenatore riuscì a sconfiggere i vari leader per poi rispedirli nel loro universo d'origine, anche con l'aiuto del capo del Team Skull, Guzman, Lylia e Acromio, che insieme posero fine ai loro piani, quest'ultimo ci riuscì usando la sua ultima invenzione, la Macchina Acromio N° 1102, la quale fungeva da trasportatore multiuniversale che avrebbe mandato individui di altri universi nel loro universo d'origine analizzando la loro traccia energetica. Sconfitti i leader delle altre organizzazioni, Elio e Lylia arrivarono da Giovanni e lì videro Samina addormentata. Giovanni affermò di voler alterare la sua mente usando la tecnologia sviluppata studiando la firma energetica dell'Ultracreatura Necrozma, in modo che ella gli avrebbe obbedito una volta risvegliata, rivelando di voler usare la sua tecnologia e conoscenze per creare un esercito di Ultracreature per dominare tutto il multiverso. Giovanni poi lottò contro l'allenatore, usando tutto ciò che aveva, ma alla fine fu sconfitto. Di sua volontà, Giovanni scappò con un Ultravarco insieme a tutti i suoi membri, liberando la villa dalla sua presa e permettendo ad Acromio di sistemare tutto. Anche se alcuni membri furono catturati ed arrestati, è incerto dove sia andato Giovanni e quali piani potrebbe avere per questo universo o qualsiasi altro.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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Giovanni |  Mewtwo Persian Nidoking Guzzlord
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 Terra
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Capo |
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Archer |  Houndoom
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N/D | Generale |
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Atena |  Arbok
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N/D | Generale |
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Maxus |  Weezing
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N/D | Generale |
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Milas |  Crobat
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N/D | Generale |
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Jessie | Arbok
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N/D | Agente |
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James | Weezing
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N/D | Agente |
Team malvagi
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