Mentre varie organizzazioni criminali nel mondo hanno usato metodi unici per conquistare o cambiare il mondo, nessuno ha avuto metodi così peculiari e potenzialmente devastanti quanto il Team Plasma, una delle più grandi organizzazioni che dimostrò quanto la gente sottovalutasse il pericolo dato dalle persone più subdole. E' interessante notare che le origini dell'organizzazione sono precedenti di anni rispetto a quando iniziò a fare notizia. Anni addietro, un uomo ricco e potente, il quale si faceva chiamare Ghecis Harmonia, sembra avesse trovato un bambino smarrito fra i Pokémon, inizialmente non prestò molta attenzione, finché non notò che poteva comunicare con i Pokémon nei dintorni. Apparentemente il bambino era orfano ed era stato abbandonato lì, ma sembrava incapace di parlare il linguaggio umano, ma solo con i Pokémon, un comportamento tutt'altro che umano. Ghecis è sempre stato un uomo in cerca di potere, e con un ragazzino con un potere simile, Ghecis capì subito cosa fare. Ghecis adottò il bambino e gli diede una casa, per poi rapire altre due bambine e renderle servitrici del primo, il quale era tenuto in una campana di vetro da Ghecis, e fu chiamato N (che è un abbreviazione del suo nome intero, datogli da Ghecis: Natural Harmonia Gropius). Questo fu cresciuto facendolo interagire solo con Pokèmon che erano stati abusati dagli allenatori, in modo da manipolargli la mente facendogli credere che tutti gli allenatori fossero malvagi e che i Pokémon dovevano essere liberati da tale oppressione, tutto ciò, segregandolo dentro un castello costruito in segreto nelle fondamenta della Lega di Unima, facendolo interagire unicamente con i Pokémon abusati prelevati da Ghecis e dai suoi soci (un grave crimine che N scoprì solo molti anni dopo). Con il supporto del Trio Oscuro che fungevano da sue guardie personali e degli altri sei saggi, che erano i consulenti e gli amici di Ghecis, quest'ultimo iniziò la sua campagna per la conquista del mondo.
Anni dopo (meno di una ventina dal ritrovamento di N), quando N raggiunse la maggiore età, fu istruito riguardo le leggende di Reshiram e Zekrom, e iniziò a viaggiare per Unima con Ghecis ed il resto del Team Plasma di cui divenne il sovrano, e sotto propagande di pace, N e suo padre adottivo dispensavano discorsi sul perché allenare i Pokémon fosse sbagliato, chiedendo loro di liberarli e restituirli alla natura (una mentalità idealistica che portò N a porre fine a vari progetti, incluso quello di Genesect). Il messaggio fu così forte che fece di fatto riflettere molti allenatori circa le loro azioni, ma in realtà, Ghecis stava solo manipolando N per i suoi loschi fini, in modo che tutti liberassero i Pokémon e lui fosse l'unico ad averne potendo così governare Unima. Nel mentre, il Team Plasma rubava con la forza i Pokémon altrui, anche per assicurarsi che nessuno si opponesse a loro, ma un giovane allenatore di nome Alcide, li ostacolò, fermando i loro crimini. Costui si recò alla Torre Dragospira per fermare N, solo per scoprire che questo aveva stretto un legame con uno dei Leggendari: Zekrom. Con il potere del Leggendario dalla sua parte, N, che ormai aveva preso tutte le otto medaglie, affrontò la Lega di Unima e sconfisse lealmente il Campione Nardo diventando il nuovo Campione. Dopo tale vittoria, il Team Plasma fece emergere il proprio castello che circondò la Lega di Unima. Alcide entrò nel castello, e divenne il Prescelto di Reshiram, l'altro Drago leggendario, con cui sconfisse N con grande stupore di tutto il Team Plasma. Furioso per la sconfitta, Ghecis rivelò ad N i suoi veri obiettivi, i quali non comprendevano la pace, ma far si che essere allenatore Pokémon non fosse più permesso, in maniera che solo lui e i suoi collaboratori potessero averne e detenere il potere per poi permettere a Ghecis di governare il mondo senza rivali, e poi attaccò con i suoi Pokémon l'allenatore responsabile per aver mandato in fumo anni e anni di lavoro... ma l'uomo fu comunque sconfitto. Il Team Plasma a quel punto si divise, mentre N sparì insieme al Leggendario. Ghecis riuscì a scampare all'arresto, differentemente dagli altri saggi, ma il Trio Oscuro riuscì a far evadere Violante pochi mesi dopo, mentre Ross fu rilasciato grazie alla sua collaborazione nell'individuare ed arrestare molti membri del Team Plasma ancora fedele a Ghecis.
Dopo la fine della prima crisi, il Team Plasma tornò due anni dopo, ma ormai l'organizzazione era divisa in due fazioni distinte. La fazione nel giusto, guidata dal saggio Ross, il quale credeva fermamente alla sincerità degli ideali di N, i quali ne fece un esempio nella speranza di trovare un modo per permettere la convivenza pacifica tra umani e Pokémon. L'altra fazione era ancora fedele a Ghecis, il quale aveva formato un una forza d'élite per poter conquistare Unima ad ogni costo. Per far ciò, fu assoldato Acromio come capo secondario per guidare il Team Plamsa, che però era ancora sotto gli ordini di Ghecis, e riuscirono a fare loro il Pokémon Leggendario Kyurem, con l'obiettivo di usare i suoi poteri per distruggere tutto e governare la regione una volta per tutte. Ghecis, ben conscio riguardo le leggende di Kyurem e sul fatto che fosse il Drago Originale privato dei suoi poteri, quindi, congelò varie zone della regione, e rubò il Cuneo DNA da Aristide, Capopalestra di Bureaduopoli per usarlo per i suoi scopi. A sua insaputa però, una giovane allenatrice di nome Rina, riuscì ad infiltrarsi nella sua base volante, riuscendo a sconfiggere Violante, il Trio Oscuro e addirittura Acromio, quest'ultimo però, in quanto uomo di scienza fu più interessato a quello che vide nella ragazza piuttosto che nei piani di Ghecis, e dunque, abbandonò il Team Plasma, ma i piani di Ghecis erano stati fermati. Temendo il peggio, Ghecis dirottò la nave verso le profondità della Fossa Gigante, ma in quel momento N fece il suo ritorno per aiutare la giovane allenatrice contro Ghecis, ma ciò era in realtà parte del piano di Ghecis, che usò il Cuneo DNA per fondere Kyurem con Zekrom, il Pokémon che un paio di anni fa scelse N come compagno. Nonostante il cambio di forma, l'allenatrice riuscì a sconfiggere Ghecis e Kyurem, e l'uomo, in preda alla follia, provò ad uccidere la ragazza. Completamente divorato dalla pazzia, Ghecis fuggì e da quel momento non si seppe più nulla su di lui. Quasi tutti il Team Plasma si sciolse a seguito di questi eventi, Kyurem fece ritorno al suo territorio, mentre pare che Reshiram, avendo lasciato Alcide, scelse anche lui N come suo allenatore. Cosa sia successo a Ghecis e al Trio Oscuro è un mistero, ma vista la situazione, è improbabile che l'uomo proverà a terrorizzare Unima in futuro... o almeno, non la versione nota ai più.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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N |  Zekrom Reshiram Zoroark Kyurem
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N/D | Re (ex) |
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Trio Oscuro |  Kingambit
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N/D | Guardie del corpo |
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Ghecis |  Kyurem
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N/D | Saggio |
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Acromio |  Klinklang
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 Acciaio
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Capo secondario (ex) |
Team malvagi
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