Come per il Team Idro, le origini del Team Magma sono in un certo senso un mistero, anche se l'impatto che ha avuto nella regione di Hoenn è più che degno di nota. Le questioni relative alla protezione e alla distruzione dell'ambiente sono sempre state di grande importanza ai giorni nostri e in molti sono disposti a rischiare tutto per dimostrare il proprio punto di vista, anche se involontariamente, nessuno ha rischiato tanto quanto il Team Magma. I membri di quest'organizzazione, guidati dal loro leader Max, il quale disprezzava la perdita degli habitat terresti e come il progresso tecnologico e sociale arrivò ad usare irresponsabilmente la terra (con deforestazioni ed incendi volontari) e alla distruzione di preziose piante che giovano il terreno a causa dell'inquinamento dell'acqua sotterranea e del suolo. Mentre in origine il gruppo non faceva nulla di diverso rispetto ad altri gruppi di protesta, ovvero cercare giustizia tramite sforzi e petizioni di gruppo, le cose cambiarono radicalmente quando Max studiò riguardo i miti sul Pokémon Leggendario Groudon. Secondo le leggende di Hoenn, Groudon è il responsabile della creazione delle terre emerse facendo evaporare il mare eoni fa quando il pianeta era giovane e lui aveva il pieno accesso alla sua forma Archeorisvegliata, essendo lui stesso il dio della terra, e aveva un potere così tremendo da poter evaporare qualsiasi corpo d'acqua nelle vicinanze, anche i mari più profondi come dimostrano i recenti modelli climatici (ciò viene riflesso nella sua abilità Terra Estrema, una versione potenziata della normale abilità di Groudon, Siccità). Dopo mesi di ricerche, Max riuscì a scoprire l'ubicazione del luogo nel quale Groudon riposava, e iniziò a mettere in atto i suoi piani per recuperare la terra che gli umani avevano così inutilmente sprecato.
Gli sforzi di Max tuttavia furono ostacolati dal Team Idro, i cui interessi erano l'esatto opposto. Ivan, il leader del Team Idro, aveva informazioni simili, ma riguardanti Kyogre, il quale voleva risvegliare per espandere le acque di tutto il mondo. Infine, Max si imbatté in un giovane allenatore all'apparenza insignificante di nome Brendon, ma che in realtà cambiò il corso degli eventi per entrambe le organizzazioni. Per raggiungere e risvegliare Groudon, Max sfrutta l'esperienza dei uno dei suoi Tenenti, Ottavio (ex-dipendente della Devon S.p.A.), il quale sviluppò una tuta in grado di sopportare temperature tali da permettere di immergersi nella lava presente nel cuore di un vulcano (in modo da rendere possibile avvicinarsi ad ArcheoGroudon) e stava cercando di replicare i poteri della Gemma Rossa, un antico artefatto custodito a Hoenn che secondo le leggende era l'unico strumento in grado di risvegliare Groudon e di fornirgli l'energia necessaria per compiere l'Archeorisveglio. Nel frattempo, Max stabilì la sua base in una grotta al Monte Camino e si dedicò ad una missione secondaria, mentre i membri del suo staff provarono a ricreare la Gemma Rossa, obiettivo che fallì, visto che il suo potere andava oltre qualsiasi cosa l'uomo potesse sperare di creare, perciò Max provò a crearne una usando una fonte energetica più potente, visto che il Professor Cosmi di Brunifoglia sembrava aver scoperto un meteorite con un impronta energetica tale da poter essere usato per forgiare una nuova Gemma Rossa. Determinato a fare le cose a modo suo, Max attaccò le Cascate Meteora, rubò il meteorite e si recò sulla cima del Monte Camino, dove costruì un dispositivo in grado di trarre energia geotermica dal vulcano per poi forgiare l'oggetto che tanto bramava, tuttavia i suoi tentativi fallirono, visto che il Team Idro intervenne per ostacolarli. Le due organizzazioni si combatterono ferocemente, finché un giovane allenatore non intervenne ponendo fine ai piani in atto. Anche se infuriati per la perdita, entrambi i leader riuscirono a localizzare la Gemma Rossa e la Gemma Blu, perciò entrambi i gruppi si recarono nel luogo di sepoltura della regione, il Monte Pira, dove rubarono le gemme. Mentre Max ed Ivan procedevano al furto delle gemme, questi diedero ordine ad un loro Tenente di ottenere i dati e i modelli climatici dell'Istituto Meteo, per poter stabilire se i dati riguardo l'abilità Terra Estrema di ArcheoGroudon per il Team Magma e Mare Primordiale di ArcheoKyogre per il Team Idro fossero corretti. Mentre la Magma Tenente Rossella riuscì ad ottenere il richiesto essendovi una ex-dipendente dell'Istituto Meteo, l'Idro Tenente Ada, fece irruzione nella struttura con un piccolo gruppo di membri del Team Idro, ma furono fermati dallo stesso allenatore che intervenne al Monte Camino. Con loro sorpresa, le due Tenenti in seguito scoprirono che i dati sui poteri di ArcheoGroudon ed ArcheoKyogre fossero di gran lunga superiori ai loro test... tanto da devastare il clima del pianeta ed uccido ogni essere vivente se lasciati fuori controllo. Ignari del pericolo che avrebbero potuto scatenare, Max esplorò il cuore del suo rifugio al Monte Camino, mentre Ivan si preparò ad esplorare l'Antro Abissale, entrambi con lo scopo di risvegliare i Leggendari, con il Team Idro che rubò il Sottomarino Explorer 1 a Porto Selcepoli. Nonostante Brendon riuscì a trovare il rifugio del Team Idro a Porto Alghepoli, riuscendo a sconfiggere gran parte delle reclute, alla fine queste riuscirono ad apportare le modifiche necessarie al sottomarino per fuggire.
Il giovane allenatore, riuscì a trovare anche il rifugio del Team Magma, dove nelle sue profondità vide in bella vista Groudon in uno stato dormiente ed in stasi da tempo immemore, e riuscì ad avere la meglio su Max, ma questo era comunque intento ad usare la Gemma Rossa prima che Rossella potesse fermarlo. Poco dopo, lo stesso scenario si ripeté nelle profondità delle caverne marine dell'Antro Abissale, dove riposava Kyogre e dove Brendon riuscì a sconfiggere Ivan, ma questo usò comunque la Gemma Blu prima che Ada potesse metterlo in guardia, in entrambi i casi gli strumenti furono sufficiente a destarli dalla loro stasi e ad Archeorisvegliarli... e quando i due leader uscirono a vedere cosa avessero portato le loro azioni, videro il disastro che stava per incombere. In alcuni momenti un calore insopportabile assieme ad una luce accecante proveniente dal cielo... mentre in altri momenti una pioggia torrenziale si abbatteva travolgendo qualsiasi cosa. Tali disastri meteorologici erano soltanto l'inizio, visto che il processo di Archeorisveglio non era del tutto completo, motivo per cui entrambi i Leggendari si recarono nelle profondità della Grotta Origine per prendere più potere elementale per completare la trasformazione. Sia Max che Ivan compresero di aver fatto qualcosa di terribile, e che il mondo non solo era lungi da ciò che volevano, ma addirittura rischiava di non ospitare più vita comune. Deciso di fermare quell'apocalisse, Brendon decise di usare le tecnologia del Team Magma e del Team Idro per fronteggiare le due divinità furiose, e attraverso un miracoloso mix di fortuna e talento, riuscì a placare entrambe le bestie e a farle tornare alla normalità. Dispiaciuti per l'apocalisse che avevano quasi creato, Max ed Ivan decidono invece di abbandonare quei metodi estremisti per cercare di fare qualcosa di più con la loro organizzazione... o almeno qualcosa di più sicuro e meno pericoloso di quello che erano quasi riusciti a compiere.
Non passò molto tempo però che le due organizzazioni furono coinvolte anche nell'incidente Delta. In quel momento, si scoprì esserci una persona che si spacciava come membro tanto dentro il Team Magma quanto dentro il Team Idro, Lyris, la Custode del segreto della civiltà del Popolo delle Meteore, ed in segreto ella fu la principale fonte di informazioni per il Team Magma ed il Team Idro in modo da aiutarli a risvegliare Groudon e Kyogre, ben conscia che il loro risveglio e la conseguente lotta avrebbe attirato il leggendario Rayquaza, convinta che fosse l'unica speranza per salvare il pianeta da un meteorite in rotta di collisione. Nella confusione però, la Magma Tenente Rossella e l'Idro Tenente Alan rubarono le Pietrechiave di altri per rimpiazzare quelle che Lyris rubò ai loro leader, poi questa provò a mettere in pericolo il mondo reindirizzando o distruggendo un razzo che doveva partire dal Centro Spaziale di Verdeazzupoli. Brendon riuscì a calmare i due Tenenti che fecero ritorno dai loro leader, i quali fortunatamente li perdonarono assicurandosi che non avrebbero più causato problemi e comprendendo che non erano pronti per il disastro che stava per incombere. Al termine dell'incidente Delta, entrambe le parti concordarono di cessare i conflitti tra loro e di lavorare per conto proprio in maniera più sicura, nonostante i loro obiettivi non siano cambiati e potrebbero tentare di realizzarli di nuovo in futuro.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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Max |  Groudon
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N/D | Capo |
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Rossella |  Camerupt
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N/D | Tenente |
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Ottavio | Camerupt
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N/D | Tenente |
Team malvagi
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