Come per il Team Magma, le origini del Team Idro sono in un certo senso un mistero, anche se l'impatto che ha avuto nella regione di Hoenn è più che degno di nota. Le questioni relative alla protezione e alla distruzione dell'ambiente sono sempre state di grande importanza ai giorni nostri e in molti sono disposti a rischiare tutto per dimostrare il proprio punto di vista, anche se involontariamente, nessuno ha rischiato tanto quanto il Team Idro. I membri di quest'organizzazione, guidati dal loro leader Ivan, il quale disprezzava la perdita degli habitat acquatici e come le industrie moderne causavano lo spargimento di sostanze chimiche e tossiche nei bacini idrici circostanti senza ritegno o sprecavano inutilmente preziose fonti idriche deteriorando l'ambiente. Mentre in origine il gruppo non faceva nulla di diverso rispetto ad altri gruppi di protesta, ovvero cercare giustizia tramite sforzi e petizioni di gruppo, le cose cambiarono radicalmente quando Ivan studiò riguardo i miti sul Pokémon Leggendario Kyogre. Secondo le leggende di Hoenn, Kyogre è il responsabile della creazione dei mari facendo piovere e portando il globo ad essere formato principalmente d'acqua tempo fa quando il pianeta era giovane e lui aveva il pieno accesso alla sua forma Archeorisvegliata, essendo lui stesso il dio degli oceani, e aveva un potere così tremendo da poter allagare qualsiasi posto come dimostrano i recenti modelli climatici (ciò viene riflesso nella sua abilità Mare Primordiale, una versione potenziata della normale abilità di Kyogre, Piovischio). Dopo mesi di ricerche, Ivan riuscì a scoprire l'ubicazione del luogo nel quale Kyogre riposava, e iniziò a mettere in atto i suoi piani per ripristinare il mondo al suo aspetto originario, prima che l'uomo lo inquinasse.
Gli sforzi di Ivan tuttavia furono ostacolati dal Team Magma, i cui interessi erano l'esatto opposto. Max, il leader del Team Magma, aveva informazioni simili, ma riguardanti Groudon, il quale voleva risvegliare per espandere le terre di tutto il mondo. Infine, Ivan si imbatté in un giovane allenatore all'apparenza insignificante di nome Brendon, ma che in realtà cambiò il corso degli eventi per entrambe le organizzazioni. Per raggiungere e risvegliare Kyogre, Ivan sfrutta l'esperienza dei uno dei suoi Tenenti, Ada (ex-dipendente della Devon S.p.A.), la quale sviluppò una tuta in grado di sopportare anche le pressioni oceaniche degli abissi più profondi (in modo da rendere possibile avvicinarsi ad ArcheoKyogre) e stava cercando di replicare i poteri della Gemma Blu, un antico artefatto custodito a Hoenn che secondo le leggende era l'unico strumento in grado di risvegliare Kyogre e di fornirgli l'energia necessaria per compiere l'Archeorisveglio. Nel frattempo, Ivan stabilì la sua base in una grotta nel mare di Porto Alghepoli e si dedicò ad una missione secondaria, mentre i membri del suo staff provarono a ricreare la Gemma Blu, obiettivo che fallì, visto che il suo potere andava oltre qualsiasi cosa l'uomo potesse sperare di creare. Dato che per raggiungere Kyogre era necessario un sottomarino speciale in grado di esplorare le profondità oceaniche delle rotte oceaniche di Hoenn in modo da trovare la grotta sottomarina nella quale Kyogre dovrebbe riposare, un sottomarino del genere esisteva a Porto Selcepoli, ma era ancora in costruzione e necessitava di una componente particolare prodotto dalla Devon S.p.A. Ada già era in possesso dei progetti del sottomarino, ma avevano bisogno di quella componente per poterlo replicare, perciò Ivan mandò una recluta per rubarla, però, Brendon, un giovane allenatore, riuscì a sconfiggere la recluta e a restituire la componente ai suoi legittimi proprietari, ed in seguito, affrontò il Team Idro al museo oceanico di Porto Selcepoli, dove vide l'organizzazione prendere in ostaggio il Capitano Remo, riuscendo a salvarlo, in quel momento Ivan riuscì a presentarsi per osservare questo nuovo avversario per poi ritirarsi. Nel corso della loro attività, il Team Magma rubò un meteorite dal Professor Cosmi di Brunifoglia per provare a creare una copia della Gemma Rossa, ma gli sforzi di Max furono vani dato che il Team Idro lì attaccò per impedire la creazione dell'oggetto. Le due organizzazioni si combatterono ferocemente, finché un giovane allenatore non intervenne ponendo fine ai piani in atto. Anche se infuriati per la perdita, entrambi i leader riuscirono a localizzare la Gemma Rossa e la Gemma Blu, perciò entrambi i gruppi si recarono nel luogo di sepoltura della regione, il Monte Pira, dove rubarono le gemme. Mentre Max ed Ivan procedevano al furto delle gemme, questi diedero ordine ad un loro Tenente di ottenere i dati e i modelli climatici dell'Istituto Meteo, per poter stabilire se i dati riguardo l'abilità Terra Estrema di ArcheoGroudon per il Team Magma e Mare Primordiale di ArcheoKyogre per il Team Idro fossero corretti. Mentre la Magma Tenente Rossella riuscì ad ottenere il richiesto essendovi una ex-dipendente dell'Istituto Meteo, l'Idro Tenente Ada, fece irruzione nella struttura con un piccolo gruppo di membri del Team Idro, ma furono fermati dallo stesso allenatore che intervenne al Monte Camino. Con loro sorpresa, le due Tenenti in seguito scoprirono che i dati sui poteri di ArcheoGroudon ed ArcheoKyogre fossero di gran lunga superiori ai loro test... tanto da devastare il clima del pianeta ed uccido ogni essere vivente se lasciati fuori controllo. Ignari del pericolo che avrebbero potuto scatenare, Max esplorò il cuore del suo rifugio al Monte Camino, mentre Ivan si preparò ad esplorare l'Antro Abissale, entrambi con lo scopo di risvegliare i Leggendari, con il Team Idro che rubò il Sottomarino Explorer 1 a Porto Selcepoli. Nonostante Brendon riuscì a trovare il rifugio del Team Idro a Porto Alghepoli, riuscendo a sconfiggere gran parte delle reclute, alla fine queste riuscirono ad apportare le modifiche necessarie al sottomarino per fuggire.
Il giovane allenatore, riuscì a trovare anche il rifugio del Team Magma, dove nelle sue profondità vide in bella vista Groudon in uno stato dormiente ed in stasi da tempo immemore, e riuscì ad avere la meglio su Max, ma questo era comunque intento ad usare la Gemma Rossa prima che Rossella potesse fermarlo. Poco dopo, lo stesso scenario si ripeté nelle profondità delle caverne marine dell'Antro Abissale, dove riposava Kyogre e dove Brendon riuscì a sconfiggere Ivan, ma questo usò comunque la Gemma Blu prima che Ada potesse metterlo in guardia, in entrambi i casi gli strumenti furono sufficiente a destarli dalla loro stasi e ad Archeorisvegliarli... e quando i due leader uscirono a vedere cosa avessero portato le loro azioni, videro il disastro che stava per incombere. In alcuni momenti un calore insopportabile assieme ad una luce accecante proveniente dal cielo... mentre in altri momenti una pioggia torrenziale si abbatteva travolgendo qualsiasi cosa. Tali disastri meteorologici erano soltanto l'inizio, visto che il processo di Archeorisveglio non era del tutto completo, motivo per cui entrambi i Leggendari si recarono nelle profondità della Grotta Origine per prendere più potere elementale per completare la trasformazione. Sia Max che Ivan compresero di aver fatto qualcosa di terribile, e che il mondo non solo era lungi da ciò che volevano, ma addirittura rischiava di non ospitare più vita comune. Deciso di fermare quell'apocalisse, Brendon decise di usare le tecnologia del Team Magma e del Team Idro per fronteggiare le due divinità furiose, e attraverso un miracoloso mix di fortuna e talento, riuscì a placare entrambe le bestie e a farle tornare alla normalità. Dispiaciuti per l'apocalisse che avevano quasi creato, Max ed Ivan decidono invece di abbandonare quei metodi estremisti per cercare di fare qualcosa di più con la loro organizzazione... o almeno qualcosa di più sicuro e meno pericoloso di quello che erano quasi riusciti a compiere.
Non passò molto tempo però che le due organizzazioni furono coinvolte anche nell'incidente Delta. In quel momento, si scoprì esserci una persona che si spacciava come membro tanto dentro il Team Magma quanto dentro il Team Idro, Lyris, la Custode del segreto della civiltà del Popolo delle Meteore, ed in segreto ella fu la principale fonte di informazioni per il Team Magma ed il Team Idro in modo da aiutarli a risvegliare Groudon e Kyogre, ben conscia che il loro risveglio e la conseguente lotta avrebbe attirato il leggendario Rayquaza, convinta che fosse l'unica speranza per salvare il pianeta da un meteorite in rotta di collisione. Nella confusione però, la Magma Tenente Rossella e l'Idro Tenente Alan rubarono le Pietrechiave di altri per rimpiazzare quelle che Lyris rubò ai loro leader, poi questa provò a mettere in pericolo il mondo reindirizzando o distruggendo un razzo che doveva partire dal Centro Spaziale di Verdeazzupoli. Brendon riuscì a calmare i due Tenenti che fecero ritorno dai loro leader, i quali fortunatamente li perdonarono assicurandosi che non avrebbero più causato problemi e comprendendo che non erano pronti per il disastro che stava per incombere. Al termine dell'incidente Delta, entrambe le parti concordarono di cessare i conflitti tra loro e di lavorare per conto proprio in maniera più sicura, nonostante i loro obiettivi non siano cambiati e potrebbero tentare di realizzarli di nuovo in futuro.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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Ivan |  Kyogre
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N/D | Capo |
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Alan |  Sharpedo
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N/D | Tenente |
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Ada | Sharpedo
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N/D | Tenente |
Team malvagi
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