Il Team Flare potrebbe non aver avuto lo stesso impatto di altre organizzazioni come il Team Plasma, ma di sicuro i loro sforzi per causare un apocalisse hanno quasi messo in ginocchio il pianeta. La vera storia riguardo la creazione del Team Flare, così come dell'"incidente di AZ", ha le sue radici oltre 3000 anni fa, durante il regno di AZ, che al tempo governava come re nella regione di Kalos. Quando 3000 anni fa la regione era sotto il dominio di AZ, questa viveva un periodo di pace sia tra umani che tra Pokémon, visto che AZ usò le sue avanzate conoscenze scientifiche per far progredire la società, creandone una dove umani e Pokémon collaboravano fra loro per beneficiare entrambe le parti. Nonostante AZ fosse orgoglioso dei propri avanzamenti tecnologici, ciò non lo salvò dal conflitto, e presto la regione divenne un enorme campo di battaglia quando scoppiò una guerra contro una regione rivale che voleva impossessarsi delle sue terre prospere. La guerra durò molti anni, e fu così tremenda che AZ si ritrovò costretto a mandare il battaglia il suo Pokémon più caro: Floette, con cui strinse un forte legame sin da quando era un bambino ed il Pokémon lo aiutò in tenera età. Anziché rivedere il suo Pokémon tornare a casa però, quello che tornò fu solo una piccola scatola. Nel tentativo di fare il possibile per combattere per la sua regione, Floette, il Pokémon più caro di AZ, perse la vita in guerra. In preda del dolore, AZ fece una mossa estrema persino per la società odierna e costruì una macchina alimentata dalla forza vitale di molti Pokémon (in modo da renderla compatibile con i poteri del Pokémon Leggendario Xerneas), usandola non solo per riportare in vita la sua amata Floette, ma anche per renderla immortale, tuttavia, AZ stesso fu coinvolto dall'energia della macchina, diventando anch'egli immortale. Nonostante fosse riuscito a riavere la sua Pokémon, AZ era ancora pieno di rabbia per la distruzione portata dalla guerra, e in un atto d'impulso, convertì la macchina, ora divenuta un'arma per funzionare anche con i poteri del leggendario Yveltal e fu conosciuta come Arma Suprema, in modo da creare un raggio d'energia in grado di uccidere qualsiasi cosa ne venga a contatto drenandone le energie vitali. AZ scatenò quindi una pioggia d'energia nella regione, scatenando un omicidio di massa, spazzando via dalla regione gran parte dei suoi abitanti e tutti i suoi nemici, mettendo istantaneamente fine alla guerra. Floette, disgustata da quell'uso della macchina scappò via per non essere mai più rivista, mentre AZ provò a ritrovare la creatura, sparendo agli occhi di tutti. Il fratello minore di AZ, un signore della guerra che bramava di avere la regione per sé, vide la distruzione causata dal fratello, e fu contento di non rivederlo mai più. Temendo un suo ritorno e che l'arma fosse usata nuovamente nella regione, fece il possibile per far si che un simile evento non accadesse di nuovo e fece seppellire la macchina, sperando che nessuno l'avrebbe mai più usata, visto che solo AZ possedeva la chiave per attivarla.
Ai giorni nostri, questa storia non ebbe così tanta importanza, eccezion fatta che per un uomo di nome Elisio, un discendente del fratello minore di AZ. Elisio era un uomo votato alla pace e all'amore e desiderava che il mondo rimanesse un luogo bellissimo, ma ribolliva di rabbia a pensare come l'umanità trattasse il pianeta, inquinandolo ed uccidendo chiunque vada contro i propri interessi, mentre le risorse scarseggiavano sempre di più con la crescita dell'umanità e temeva che sarebbe divenuto un peso troppo grosso per permettere all'umanità di sostenerlo. Temendo che le persone avrebbero iniziato a combattere per rivendicare ciò di cui avessero bisogno, facendo scoppiare una guerra... con conseguente morte e distruzione, che avrebbe inquinato ulteriormente il mondo rendendolo un posto miserevole dove persone e Pokémon innocenti avrebbero perso la vita per colpa di conflitti altrui. Elisio avrebbe potuto fare molto per il pianeta se fosse votato alla speranza, ma era fin troppo pessimista diventando misantropo e portandolo alla convinzione che il numero di brave persone al mondo era troppo basso perché potessero salvarlo. Per lui, l'unico modo per ripulire il mondo da tale gentaglia era eliminarla con la forza, perciò si decise di ritrovare e riattivare la macchina usata in passato, l'Arma Suprema. Usando i suoi fondi, Elisio fondò un'organizzazione nota come Team Flare, cosa possibile essendo presidente dei Laboratori Elisio (impresa responsabile della creazione di varie tecnologie avanzatissime, come gli Holovox), così, iniziò a setacciare la regione per ritrovare l'arma e localizzare AZ per riattivarla rubando la chiave dell'Arma Suprema. Mentre il suo piano di riattivare l'Arma Suprema si avvicinava, Elisio cercò di diffondere l'influenza del Team Flare per tutta la regione, facendo loro rubare dei fossili alla Grotta dei Bagliori, facendo ricerche sulle misteriose rocce al Percorso 10, appropriarsi dell'energia della Centrale Elettrica di Kalos e persine rubare delle Poké Ball alla Fabbrica di Poké Ball. Tuttavia, durante questi eventi, un allenatrice di nome Serena si oppose ai piani di Elisio affrontando i membri del Team Flare, sconfiggendo i suoi tenenti e addirittura gli scienziati di alto rango responsabili della creazione della tecnologia dell'organizzazione, ma fu tutto inutile, dato che Elisio riuscì a riattivare l'Arma Suprema, alimentata dai leggendari Xerneas e Yveltal, i quali furono trovati quando ancora in stasi, in modo che il primo potesse alimentare la macchina, mentre il secondo fungesse da catalizzatore. L'allenatore, riuscì a scovare la base segreta del Team Flare sotto Cromleburgo dove si infiltrò nei piani inferiori riuscendo a liberare entrambi i leggendari, permettendogli di riavere le loro energie. Elisio, addolorato per le vittime di Pokémon innocenti che avrebbe causato, non rinunciò al suo piano, usando le ultime tecnologie dei Laboratori Elisio con cui riuscì a conservare le energia dei leggendari per affrontare l'allenatore con tale fervore da Megaevolvere il suo Gyarados tramite il Meganello, cosa che nessuno che odiasse i Pokémon potrebbe mai fare. Nonostante tutto, Elisio alla fine fu sconfitto, e con energia sufficiente da poter sparare un unico colpo dall'Arma Suprema, Elisio decise di attivarla per porre fine alla sua esistenza, non volendosi assumere le responsabilità delle proprie azioni. La devastazione risultati distrusse l'Arma Suprema e gran parte della base del Team Flare, e mentre l'allenatore, AZ e i membri restanti riuscirono a fuggire in tempo, ciò non accadde per Elisio, il quale difficilmente è sopravvissuto dopo tale evento. L'unica nota positiva è che almeno l'Arma Suprema non sarebbe più stata utilizzabile da nessuno.
Il Team Flare fu poi coinvolto in un altro incidente di breve durate, l'"incidente Esprit", che fu causato dal completamente di una tuta prototipo nota come Tuta di Potenziamento sviluppata dal capo scienziato dell'organizzazione, Xante. Questa tuta avrebbe conferito a chi la usa di ottenere forza sovrumana, la capacità di sovrascrivere gli ID dei Pokémon rubati e di conseguenza la possibilità di rubare Pokémon rendendoli impossibili da rintracciare e perfino creare illusioni per cambiare il proprio aspetto fisico. Xanto usò una piccola orfana trovate fra le strade di Luminopoli come cavia, e le insegna addirittura ad allenare Pokémon, dandole dei Pokémon della sua collezione personale. All'interno della Tuta di Potenziamento, la ragazzina di nome Matière divenne nota come il super-soldato Esprit... ma le cose non sono andate come Xanto sperava, visto che uno dei Pokémon che ha avuto era più interessata a giocare con lei che combattere, perciò per assicurarsi che tutto andasse come previsto, usò un controllo a distanza per controllarla e non lasciarle alcun ricordo, almeno fino alla fine dell'incidente. Nonostante gli esperimenti furono un successo, la volontà di Matière stava diventando troppo forte per permettere alla tuta di controllarla, problema che assieme al fatto che fosse ricercato dall'agente della Polizia Internazionale Bellocchio lo mise talmente tanto sotto pressione da farlo costituire. La Tuta di Potenziamento è tutt'ora usata da Matière anche se modificata per far si che abbia il pieno controllo, mentre Xante è tutt'ora in prigione, mentre gli altri scienziati sono ancora in fuga e non si hanno loro notizie.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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Malva |  Talonflame
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 Fuoco
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Tenente? |
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Elisio |  Yveltal Volcanion
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N/D | Capo |
Team malvagi
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