Anche se il suo esatto funzionamento è ancora un mistero, l'attacco Mille Onde resta una mossa unica capace di intrappolare quasi ogni tipo di Pokémon in combattimento se usata correttamente. Considerata una delle mosse peculiare di Zygarde, Mille Onde consiste nel concentrare le proprie energie per poi rilasciarla come varie particelle a forma di squama direttamente contro il bersaglio come delle onde d'urto, per bombardarlo in modo da infliggergli danni. Essendo un esclusiva di Zygarde, pochissimi potranno mai vedere questa mossa in azione, ma rimane estremamente potente e capace di intrappolare i nemici più sfuggenti, facendo si che non fuggano dalla vista di Zygarde.
Mille Onde è un attacco unico che può essere appreso solamente da Zygarde se ha nel proprio corpo un Nucleo specifico, e sembra che sia una mossa sviluppata per contrastare le abilità di Xerneas. In pratica Mille Onde viene usato da Zygarde raccogliendo l'energia dall'ambiente circostante per generare mille proiettili energetici minuscoli a forma di squame per poi scagliarli per formare delle onde d'urto in modo da bombardare l'avversario per danneggiarlo. Nonostante sia una mossa energetica, essa ha le stesse proprietà di un attacco fisico, come ciò sia possibile è un mistero, ma si pensa che derivi dalle peculiari abilità di Zygarde. Questa mossa può essere influenzata dagli effetti di strumenti come la Roccia di Re, e può essere eseguita anche per colpire bersagli multipli con solo una riduzione di potenza del 25% circa, rendendola estremamente utile in varie circostanze, ma la sua caratteristica più importante è che una volta colpite le vittime, esse saranno isolate all'interno di una barriera energetica che perdura fino alla loro sconfitta o fino a quando Zygarde rimane sul campo, impedendo una qualsiasi manovra di fuga, tattica spesso usata da Xerneas. Nonostante sia davvero utile solo in circostanze specifiche, questo attacco può essere ottimo per bloccare le ritirate strategiche più basiche da parte dei nemici.
Contrastare Mille Onde: A causa delle sue caratteristiche uniche, non esiste alcun modo per contrastare o schivare direttamente Mille Onde, a meno che non si è immuni agli attacchi Terra. Le corazze possono fare ben poco per garantire protezione dall'attacco, anzi, potrebbero risultare più svantaggiose visto che la forza d'impatto è capace di comprometterle. E' quasi impossibile vedere questa mossa in azione, ma se si dovesse affrontare Zygarde quando ha accesso ad essa, è consigliabile usare Pokémon con alta resistenza fisica per ridurre i danni del colpo, e sperare di non affrontarlo in lotte multiple, dove questa mossa può impedire strategie che richiedono di ritirare i propri Pokémon.