La Fondazione Æther fu originariamente fondata contro gli ideali difesi da persone come il fondatore della Zona Safari di Fucsiapoli, in modo da dare ai Pokémon un luogo sicuro in cui stare senza doversi preoccupare degli allenatori o di altri Pokémon, ma gli eventi accaduti durante l'"Ultracrisi" macchiarono la sua reputazione che potrebbe persistere per parecchio tempo. La Fondazione Æther fu fondata dal padre dell'attuale direttrice, il fondatore era un uomo estremamente ricco e amante di qualsiasi Pokémon, indipendentemente dal loro aspetto credendo che tutti loro meritassero di essere salvaguardati. Nel tentativo di dare ai Pokémon un'oasi in cui vivere in pace, questo creò l'Æther Paradise, un'isola artificiale autosostenuta costruita sopra un nido di Corsola e alimentata dalle onde marittime che potesse fungere da santuario per qualsiasi Pokémon ospitato. Sua figlia Samina prese poi le redini dell'organizzazione dopo la sua morte, e con il tempo, conobbe e si innamorò di un ricercatore della struttura, il professor Paver, da cui ebbe due figli: Iridio e Lylia. I quattro formarono una famiglia felice ed invidiabile... ma ciò non durò a lungo. Paver divenne il primo scienziato al mondo che iniziò a studiare il tessuto spazio-temporale, in particolare dei portali warp che si manifestavano nella regione di Alola che furono chiamati Ultravarchi. Studiandoli ed iniziando ad ipotizzare sulle forme di vita che esistevano oltre ad essi, Paver provò ad aprirne uno artificialmente tramite il gas prodotto da un Pokémon Leggendario (noto come Cosmog) che riuscirono a rinvenire in uno templi di una delle isole di Alola, tuttavia l'esperimento non andò a buon fine, l'uomo scomparve lasciandosi dietro solo i suoi studi riguardo Cosmog e sugli Ultravarchi per poi non essere mai più rivisito dalla sua famiglia. Dopo tale evento Samina ebbe un crollo mentale e divenne ossessionata con lo studio degli Ultravarchi e sulla teoria pubblicata dal marito su tale argomento, iniziando ad investire enormi quantità di fondi per continuare le ricerche nella speranza di ritrovare un giorno suo marito.
Col tempo, Samina riuscì a sperimentare e creare gli Ultravarchi confermando i sospetti iniziali del marito, il quale supponeva esistessero altre forme di vita oltre questi portali, le quali furono denominate Ultracreature. Nella sua ossessione, Samina iniziò a temere che tali esseri potessero rappresentare una minaccia per il loro mondo ed iniziò a progettare le UC Ball per contenerle, nonché ad investire nella creazione di una vera e propria arma biologica, ovvero la specie che fu poi chiamata Tipo Zero con lo scopo di combattere e neutralizzare le Ultracreature vedendole come minacce. Realizzate a partire da uno scheletro cibernetico e campioni biologici derivati da ogni tipo elementale di Pokémon, le creature furono designate per poter usare un particolare sistema chiamato Sistema Primevo che permettesse la mutazione delle proprie cellule per assumere uno dei diciotto tipi noti, tuttavia la creazione dei tre prototipi noti come Omnitipo fallì, visto che rigettarono il Sistema Primevo ed impazzirono, perciò si ritrovarono costretti a mettere loro delle maschere di contenimento per poi metterli in criostasi per poi venire rinominati in Tipo Zero a causa del fallimento del progetto. La pressione dovuta all'ossessione e la rabbia di Samina nella ricerca del marito divenne tale da portare suo figlio Iridio alla fuga dopo aver rubato uno dei tre esemplari di Tipo Zero, informando unicamente una delle dipendenti di alto grado, Ciceria, riguardo la sua fuga. Ciò irrita maggiormente Samina, che prende Cosmog ed inizia ad usarlo per aprire Ultravarchi anche a costo di ucciderlo, e strinse un'alleanza con il leader del Team Skull, Guzman, il quale rubò dei Pokémon che ella poi mise in criostasi nella sua ossessione di proteggere tutto ciò che amava e per assicurarsi di non essere disobbedita, nonostante questi fatti si scoprirono dopo. Quando la figlia, Lylia, si rese conto che gli esperimenti della madre avrebbero ucciso Cosmog, preoccupandosi della creatura e si sé stessa, essa rubò il Leggendario e tentò la fuga, ma quando era sul punto di essere catturata, il Pokémon usò i suoi poteri per teletrasportare sé stesso e la ragazza via, ritrovandosi nel Percorso 1 di Alola, dove furono trovati dalla Professoressa Magnolia, la quale conduceva ricerche sulle dimensioni alternative e si preoccupò nel vedere la ragazza e il Pokémon privi di sensi, perciò lei e il marito Kukui li ospitarono a casa loro dove si stabilirono per tre mesi, dove Lylia fece da assistente per il professor Kukui per ripagarlo per la sua bontà, mentre sia lui che la moglie iniziarono a fare ricerche riguardo le origini di Cosmog.
Le cose cambiarono quando Lylia conobbe un allenatore di nome Elio, il quale salvò Cosmog da un piccolo stormo di Spearow, ciò diede inizio alla loro amicizia che aiuto Lylia a crescere e a non considerarsi più uno strumento di sua madre. Poco prima della fuga di Lylia inoltre, Samina entrò in contatto con l'Ultrapattuglia, una squadra di persone provenienti da un altro universo, i quali erano venuti nel suo universo in cerca di aiuto contro Necrozma, il quale era sul punto di liberarsi, così strinsero un accordo per contenere Necrozma e qualsiasi Ultracreatura che sarebbe arrivata ad Alola. Nel frattempo, Lylia ed i professori fecero del loro meglio per proteggere Cosmog sia dagli attacchi che dai tentativi di furto della Fondazione Æther e del Team Skull, motivo per cui la ragazza teneva il Pokémon quasi sempre dentro la borsa che lei si portava sempre dietro, ma non riuscirono a scapare dalle due organizzazioni a lungo, visto che il Team Skull aveva l'ordine di catturare Cosmog a qualsiasi costo, quindi Guzman e le sue reclute presero in ostaggio uno Yungoos alla Residenza Æther e lo portarono alla loro base a Poh. L'allenatore che aiutò Lylia a partire da Mele Mele si recò a salvare il Pokémon, ma nel mentre Lylia e Cosmog furono presi da Plumeria. L'allenatore, assieme ai suoi compagni e ad Iridio, si recarono all'Æther Paradise per confrontarsi con Samina, solo per scoprire l'alleanza fra la Fondazione Æther ed il Team Skull e il fatto che Samina si stesse preparando ad usare il gas prodotto dal corpo di Cosmog (tramite una gabbia di metallo con un dispositivo che drenasse il suo gas dal corpo), ciò per aprire un Ultravarco che Samina e Guzman avrebbero attraversato per trovare Necrozma e controllarlo una volta libero per i suoi soli scopi. Lylia, ancora timorosa, decise di andare contro la madre impazzita, e nonostante Elio riuscì a sconfiggerla, questa ebbe comunque il tempo di drenare il gas necessario creando il portale da cui lei e Guzman fuggirono per cercare Necrozma. Durante questo evento, Cosmog fu quasi totalmente drenato dei suoi poteri, ma riuscì però ad evolversi in Cosmoem. Dopo tutto ciò, Lylia si liberò dai timori che aveva fino a quel momento, arrivando a cambiare vestiario e pettinatura assumendo quella che lei chiamava la sua "Forma Z potenziata" e decisa di ritrovare sua madre nonostante le cose orride che avesse fatto fin'ora. Lei, Elio assieme a Plumeria ed il resto del Team Skull che volevano riavere il loro capo Guzman sano e salvo, presero uno dei flauti leggendari alla Fondazione Æther e quello all'Isola Exeggutor per poi provare a fare il rituale necessario per evocare uno degli antichi Pokémon Leggendari di cui parlava la leggenda di Alola all'Altare Solare/Lunare, nella speranza che uno dei Leggendari potesse aprire loro un Ultravarco, ma in realtà, il rituale non serviva ad evocare i Leggendari, ma a potenziare Cosmoem per consentirgli di evolversi in uno dei due Pokémon protettori di Alola, Lunala, ma prima che potesse aprire un Ultravarco, uno si aprì davanti a loro, dal quale uscirono la madre di Lylia e Guzman, al quale seguì Necrozma stesso, il quale sconfisse i due leader poco dopo che i due provarono inutilmente a batterlo. La creatura in cerca di luce, attaccò l'altro Leggendario, avendo la meglio e riuscendo a fondersi ad essa, nonostante Elio e Lylia provarono a fermarlo, ma quella forma diede a Necrozma così tanto potere da permettergli di aprire innumerevoli Ultravarchi per la regione, dai quali emersero varie Ultracreature che costrinsero i Kahuna ad intervenire, insieme ai Numi Locali, riuscendo a respingerli ed impedire che potessero scatenarsi. L'Ultrapattuglia, ccapendo che Elio poteva avere le capacità di fermare Necrozma, diedero a lui una delle loro tute e richiamarono l'altro Pokémon Leggendario per condurlo nel loro universo, l'Ultramegalopoli, dove eoni fa Necrozma fu mutilato. Lì, l'allenatore ritrovò Necrozma in cima alla torre, dove ottenne finalmente la sua forma completa, nota come UltraNecrozma, dato che la sua forma normale gli causava troppa sofferenza. Elio riuscì a sconfiggere Necrozma, facendolo separare dall'altro Leggendario e ponendo fine così all'Ultracrisi.
Terminata la crisi, Samina comprese i suoi errori e la sua salute mentale si stabilizzò tornando ad essere la donna che era prima della scomparsa del marito, tornando a riprendere il suo ruolo da direttrice della Fondazione Æther con l'obiettivo di proteggere i Pokémon, com'era anni fa. Lylia, incoraggiata da ciò che accadde, decise di diventare un'allenatrice vera e propria per dimostrare la sua forza, mentre Iridio fece del suo meglio per diventare un allenatore sempre più forte. In seguito la Fondazione Æther fu attaccata dal Rainbow Rocket a causa dei complotti di Vicio, e la villa di Samina fu usata come loro base, mentre Samina stessa fu rapita per aver tentato di ostacolarli. Fortunatamente, Elio, Lylia, Acromio e Guzman, si infiltrarono nella loro base, riuscendo a sconfiggere i vari leader delle organizzazioni alleate e forzandoli a ritirarsi, portando l'Æther Paradise alla normalità.
Membri[]
| Immagine | Nome | Pokémon di rilievo | Specializzazione | Posizione |
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Vicio |  Hypno
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 Psico
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Capo filiale |
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Samina |  Pheromosa Necrozma
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N/D | Direttrice |
Team malvagi
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