Ash, Misty y Brock estaban pescando en la orilla de un lago. Cuando Totodile aparece Ash y Misty intentan atraparlo, sin embargo cuando Totodile escapa, Misty y Ash lo empiezan a buscar. Cuando lo encuentran Ash y Misty le lanzaron ambos una Cebo Ball a la vez, atrapando una de ellas a Totodile. Como no supieron quién de los dos lo atrapó decidieron tener una batalla en la que el ganador se quedaría con Totodile, Ash sale victorioso con la ayuda de Pikachu, Chikorita y Bulbasaur.
Totodile es usado para luchar contra el Miltank de Whitney/Blanca pero pierde. En la revancha también pierde pero ayuda a Ash a formular una estrategia para vencerla con Pikachu.
Después fue usado en la batalla contra Harrison donde peleó contra su Sneasel dando una batalla muy peculiar al bailar y pelear al mismo tiempo, cosa que llamó mucho la atención del público. Después de que Totodile fuera hipnotizado por el ataque hipnosis del Hypno de Harrison, fue derrotado con psíquico
Totodile no estaba acostumbrado en las batallas de Gimnasio, pero fue uno de los Pokémon usados por Ash durante la Copa Remolino. Ha vencido a oponentes como un Kingdra, un Charizard, y el Sneasel de Harrison. Esto demuestra que es muy capaz en el combate a pesar de su estado no evolucionado.
En Kanto
Ash dejó a Totodile en el laboratorio del Profesor Oak, junto con sus otros Pokémon de Johto, cuando partió para la región Hoenn.
Totodile es un Pokémon muy carismático, a menudo se le ve bailando de alegría antes y después de una batalla, a pesar de ésto se toma las batallas en serio, aunque a su propio estilo, y puede ser un peleador muy fiero y decidido. También es al parecer un Pokémon muy enamoradizo, al enamorarse de dos diferentes Pokémon en Totodile, el amoroso (ES) / Amor estilo Totodile (HA)‹№›.
Se emociona con mucha facilidad y no parece tener problemas en socializar con otros Pokémon, de hecho parece sentirse muy cómodo y abierto entre éstos al tratar de hacerlos bailar con él en algunas ocasiones. Totodile fue el encargado de transmitir el alivio cómico del programa algo parecido a lo que ahora hace Oshawott
Es un Pokémon hiperactivo al que le gusta bailar mucho y saltar. Se alegra mucho cuando gana a un oponente. Además, le gusta llamar la atención entre los demás Pokémon. También actúa como un personaje cómico, como su tendencia a la danza se muestra en muchos combates importantes, lo que también confunde a sus oponentes. Su ataque cara susto también se ha utilizado como una broma un par de veces, uno de ellos en una batalla contra el Mini-Dit de Duplica, donde Totodile se rió de su imitación de la jugada antes de continuar la batalla.
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