Ash, Misty y Brock estaban pescando en la orilla de un lago. Cuando Misty pesca una tetera se asoma un alegre Totodile en una roca. Misty lanza una Mini Misty, un tipo de anzuelo que Misty siempre usa para capturar Pokémon de tipo agua y Totodile lo mordió, luego lo escupe. Entonces Ash ordena a Pikachu un impactrueno y le lanza una Pokeball. Ash no lo logra capturar, además se escapa. Misty y Ash lo empiezan a buscar. Cuando lo encuentran Ash y Misty le lanzaron dos Cebo ball a la vez, atrapando una de ellas a Totodile. Como no supieron quien de los dos lo atrapó decidieron hacer una batalla Pokémon en la que el ganador se quedaría con Totodile, en la que ganó Ash con la ayuda de Pikachu, Chikorita y Bulbasaur.
Es un Pokémon hiperactivo al que le gusta bailar mucho y saltar. Se alegra cuando le gana a un oponente. Además, le gusta llamar la atención entre los demás Pokémon. También actúa como un personaje cómico, como su tendencia a la danza se muestra en muchos combates importantes, también confunde a sus oponentes. Su ataque Cara de susto también se ha utilizado como una broma un par de veces, uno de ellos en una batalla contra el Mini-Dit de Duplica, donde Totodile se rió de su imitación de la jugada antes de continuar la batalla.
Él no estaba acostumbrado en las batallas de Gimnasio, pero él fue uno de los Pokémon usados por Ash durante la Copa Remolino. Él ha vencido a oponentes como un Kingdra, un Charizard, y el Sneasel de Harrison. Esto demuestra que es muy capaz en el combate a pesar de su estado no evolucionado.
Es el Pokémon número 31 que Ash ha capturado con una Poké Ball distinta a las normales (la Cebo ball), los anteriores son los 30 Tauros.
Es el único inicial de Johto que aún no ha evolucionado.
Dentro de los Pokémon de Ash durante Johto, fue Totodile quien se encargó de transmitir el alivio cómico del programa algo parecido a lo que ahora hace oshawott.
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