Se muestra después que Rojo y Azul salvan a la presidenta de la compañía Silph S.A. de unos reclutas del Team Rocket. Al salvarla ella le explica que el Team Rocket tomó la compañía Silph y que obligan a los trabajadores a perfeccionar la pokéball más poderosa del mundo, que atrapa a cualquier tipo de Pokémon: la Master ball y que usan muchos Pokémon para sus experimentos y muchos se debilitaban.
Luego piensan la forma de entrar en Silph sin ser vistos, Rojo le dice a Azul que busque a una policía, pero Azul piensa que no funcionara el plan y se marcha al campeonato de la Liga Pokémon, pero Rojo lo detiene y le explica la situación de aquellos Pokémon atrapados y que no puede ser un entrenador verdadero si no cree en ello, y al final acepta. Rojo entra en Silph S.A. y libera todos los Pokémon capturados y deja en libertad a los trabajadores forzados, uno de ellos le agradece y le obsequia un Lapras con el que podrá cruzar los mares. Finalmente llega donde el Jefe del Team Rocket, que se impresiona al verlo, y tiene una batalla con el y su Nidoqueen y Rojo su Charizard, el cual Charizard termina perdiendo con el Surf de Nidoqueen, y lo insulta diciéndole que no sabe utilizar bien a su Charizard, al final se va en un helicóptero.
Luego de que escapara Giovanni, Rojo consigue su medalla pantano venciendo a su líder de gimnasio Sabrina, en un Dojo Pokémon venció un cinta negra en karate y obtuvo un Hitmonlee. Fue a las Islas Canela en donde entro en la Mansión Pokémon y leyó un libro sobre un nuevo tipo de Pokémon, Logró vencer a Blaine el líder de Gimnasio de tipo Fuego consiguiendo su séptima medalla y decide combatir con el líder de Gimnasio de Ciudad Verde que volvió y que al parecer Azul ya lo venció. Se sorprende al saber que resulta ser Giovanni el Líder y que no lo acepta, pero pelean usando Giovanni solo dos Pokémon, empieza con Ryhorn y Rojo con Victrebell el cual es vencido rápidamente por el Perforador de Ryhorn, luego manda a su Kabutops el cual debilita un poco a Ryhorn y pierde contra el, luego manda a su Snorlax que fue vencido rápidamente, y Rojo manda a su Jolteon el cual Giovanni quedo decepcionado y vence a su Jolteon con un impactrueno, Rojo lanza a su Hitmonlee, y Giovanni y empieza a sentir sensaciones de emoción, Hitmonlee dio buena batalla y al final ambos se debilitan, Rojo manda a su ultimo Pokémon Charizard, lo cual le hace recordar a Giovanni su vida de niño y lo que se sentía entrenar Pokémon, y lanza a Rhydon ambos pelean con pasión y el vencedor es Charizard. Giovanni le entrega la Medalla tierra deshaciendo al Team Rocket y comenzando una nueva vida. Por otra parte Rojo se aventura a su siguiente reto como entrenador Pokémon: El campeonato de la Liga de Kanto. Rojo guarda la partida.
En el anime es frecuente encontrarnos también objetos con forma de Pokémon, como despertadores con forma de Voltorb. Los siguientes Pokémon aparecen en el episodio, pero no están vivos y pueden ser adornos de decoración, utensilios, etc.