La Guarida Team Flare (Team Flare Secret HQ en inglés; フレア団秘密基地 Base Secreta del Team Flare en japonés) es la base de operaciones del Team Flare ubicada en el noroeste de Pueblo Crómlech, bajo un conjunto de piedras. En este lugar el jugador debe detener a Lysson de activar el arma definitiva y además, se puede encontrar a Xerneas o Yveltal según la versión del juego en la que se esté jugando; Xerneas en Pokémon X e Yveltal en Pokémon Y donde no se irá ni huirá hasta que lo captures. El Team Flare estaba extrayendo la energía del Pokémon legendario para poder activar el arma definitiva.
Además, mientras se anda por los pasillos y escaleras del laboratorio, Serena o Kalm ayudará al jugador en los combates multis contra los comandantes del Team Flare.
Al desafiarte: La hermosura del arma definitiva por fin ha florecido como una grácil flor en un campo marchito. Su belleza es arrebatadora ¿no créeis? El caso es que, mientras hablamos, se está nutriendo de la savia que le da la vida; la energía del Pokémon legendario. A pesar de que tu elección en el laboratorio fue la correcta, no te ha servido de nada. Lo lamento, lo creas o no. Pero así es el curso de la vida: estamos destinados a que egos y sentimientos entren en conflicto. -Después del diálogo de Serena - En este mundo en que vivimos, los recursos, el espacio, la energía... ¡son bienes limitados! No obstante, el número de humanos y Pokémon sigue aumentando exponencialmente. ¿Qué hacer ante la visión de un mundo abocado a la imposibilidad de satisfacernos a todos? Está claro: quien roba y se queda con el dinero y la energía gana la partida. -Después del diálogo de Serena- Aja... Déjame que te pregunte algo. Solo tenías un Mega-Aro... ¿Me equivoco? ¿Acaso lo has compartido con los demás? -Después del diálogo de Serena - ¿Confundirlos? Para nada. Cuando una cosa es única, no se puede compartir: hay que apropiarse de ella como sea. Es algo triste, pero cierto. Por eso, he ideado una solución para crear un mundo bello, en el que no se luche ni se robe: segar drásticamente el número de vidas. - Después del diálogo de Serena - ... (Lysson empieza a llorar) - Después del diálogo de Serena - Los Pokémon... Están destinados a perecer. Los Pokémon son unos seres maravillosos. ¡Su sola existencia es algo fascinante! Pero el hecho de que los humanos y ellos hayan ayudado los unos a los otros en su camino hacia el desarrollo los ha convertido en meros instrumentos. Los mismos instrumentos que posteriormente hacen germinar la semilla de los robos y las disputas. Creo que, con esto, ya os he proporcionado suficientes explicaciones. Tenéis la esperanza de detener el arma definitiva, pero es algo que no puedo permitir. Debo interponerme en vuestro camino.
Al perder: ¿La voluntad de proteger te da tu fuerza?... ¿Y qué es eso que tanto ansías proteger?... ¿Sino un futuro que se envilece día tras día?
Tras perder: ¡Enhorabuena! Justo como pensaba, eres excepcionalmente fuerte, no te lo niego. No obstante... Ahora... Ya es demasiado tarde... ¡Cualquier rastro de esperanza ha desaparecido! Si queréis comprobarlo con vuestros propios ojos, bajad a lo más profundo de esta guarida.
Al desafiarte: (Recluta): Nos vemos en la obligación de pediros que volváis por donde habéis venido. (Comandante): Mas que nada, porque más adelante se halla el Pokémon legendario. (Recluta): ¿Pero para qué abres la boca, animal de bellota? ¡Cuéntales tu vida también, si te parece!
Al perder: Comandante: ¡Menudos niñatos! ¡Si ni siquiera podéis llevar un traje con estilo! Recluta: La verdad es que formáis un equipo bien fuerte, pero aún no os compenetráis demasiado.
Tras perder: (Comandante): Hemos tenido que remover cielo y tierra en las montañas de Kalos para encontrar al Pokémon legendario. Tanto es así que me puse perdido el traje blanco impoluto que llevaba. Ahora no vale ni para hacer trapos. (Recluta): En fin, ya lo habéis oído. El Pokémon legendario se encuentra en el interior de nuestra base secreta. Pero el arma definitiva está absorbiendo toda su energía.
Al desafiarte: Recluta: No cabe duda de que esas son las órdenes, pero asignar a dos auténticas lumbreras como nosotros a labores de desrattatización... Tiene tela. Comandante: ¡No pienso resignarme a aceptar la derrota! ¡Y no os voy a permitir pasar! Los únicos que podrán avanzar seremos nosotros: ¡el Team Flare!
Al perder: Comandante: He perdido, pero no me preocupa porque sé que el gran Lysson está con nosotros. Recluta: He perdido, pero no me preocupa. El gran Lysson se ocupará de todo.
Tras perder: (Comandante): No soporto las bobadas que dicen los ignorantes que se mueven por su propio interés. A mí lo único que me vale es aquello que haga feliz al Team Flare, es decir, ¡nosotros! (Recluta): Espero que los cinco milloncejos del ala que he pagado por entrar en el Team Flare no hayan sido una pérdida de dinero.
Al desafiarte: Comandante: ¡Nuestros planes no se han materializado todavía! No podemos permitirnos el más mínimo descuido. Recluta: ¡Hip, hip, Flaaare! ¡Hip, hip, Flaaare!
Al perder: Comandante: El gran Lysson es para el Team Flare la estrella que nos guía hacia un futuro prometedor. Recluta: Mis flogistos... Se han consumido...
Tras perder: (Comandante): ¡El gran Lysson en el único que nos ha enseñado el camino a los que, como nosotros, sentimos inquietud por el futuro! (Recluta): ¡Dame una F! ¡Dame una L! ¡Dame una A! ¡Dame una R! ¡Dame una E! ¡FLARE!
Al desafiarte: ¡Esto no me lo esperaba! ¡Realmente eres un elegido! Para ser un Pokémon legendario, no pareces estar en buena forma, (Xerneas o Yveltal). ¿Por qué ansias la ayuda de humanos? ¿Acaso necesitas tú su poder? Para mí, la victoria es poder utilizar el arma definitiva. Ahora que el Pokémon legendario se ha recuperado, voy a exprimir su poder aún más y lo canalizaré al arma. ¡Por tanto, pienso recuperar ahora mismo ese Pokémon! Esta vez no perderé. Vosotrois no sois los únicos que habéis estado investigando la megaevolución... ¡Yo también tengo un Mega-Aro y una Megapiedra!
Al perder: Se acabó. ¿No te das cuenta de que el mundo está plagado de gente insignificante y sin aspiraciones? Y, para colmo, se dedican a robarse unos a otros las pocas esperanzas que les quedan.
Tras perder: ¡Aaagghhh! ... Ah, bendita inocencia... Ojála todo fuera tan fácil y que desaparecieran todos los conflictos. Por desgracia, yo he visto el porvenir... Donde los humanos se robarán los unos a los otros, cegados por la codicia y por su propia estupidez. ¡Ese es el futuro trágico y horrendo que nos espera! ¡Esa es la cruda realidad! Este aparato es capaz de traer de vuelta al mundo a los Pokémon que perdieron la vida. Pero un rey de antaño lo usó como arma definitiva. Ahora, tras su despertar, el Pokémon legendario ha recuperado gran parte de la energía... del poder... que le había arrebatado. Apenas queda potencia en el arma... Apenas... Pero, tal vez, sí lo bastante como para poder usarla una vez más. Uníos a mí, chicos. ¡Disfrutad conmigo de la vida eterna! ¡Así tendremos todo el tiempo que queramos para crear nuestro hermoso mundo!