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Introducción
Empiezas el juego con la Profesora Araragi dandote la bienvenida en el mundo de los pokémon enseñandote un Chiramii. Te da la opción de elegir entre chico o chica y te pide que le digas tu nombre. Seguidamente te muestra a tus compañeros Cheren y Beru, con los cuales son amigos desde muy pequeños. Y así empiezas tu fantastica aventura al maravilloso mundo de los pokémon.
Pueblo Kanoko
- Artículo principal: Pueblo Kanoko
El juego comienza con la imagen de la Profesora Araragi entrando en tu casa y saliendo apresuradamente. Entonces apareces en tu habitación junto a tu amigo Cheren y descubren que hay un paquete sobre el escritorio, a su vez Beru sube a tu cuarto apresurándolos, los tres deciden abrir el paquete, se percatan de que posee una nota firmada por la Profesora Araragi, explicando que el paquete contiene a los 3 pokémon inicial de Isshu
| Tsutaaja | Pokabu | Mijumaru |
|---|---|---|
 
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| Placaje | Placaje | Placaje |
| Malicioso | Gruñido | Latigo |
| Nivel 5 | ||
La elección debe ser sabia, ya que el pokémon que elijas te acompañara en tu aventura. Beru elijirá al pokémon que esté en desventaja respecto al tuyo y Cheren escogerá al pokémon que tenga la ventaja del tuyo. Luego de esta elección Tendrás la primera batalla con Beru, ganes o pierdas proseguirá Cheren en el combate, tu pokémon estará previamente sanado por tu amiga. Debido a las dos batallas, tu cuarto queda destruido y tus dos amigos te dejan solo en el lugar. Cuando tu bajas escuchas la conversación de Cheren con tu madre, tus amigos se retiran y tu madre se dirige a entregarte el Mapa de la región de Isshu.
Al salir de tu casa y dirigirte al Laboratorio, Cheren te pide que vayas a buscar a Beru a su casa para poder hablar con la Profesora. Cuando entras, te das cuenta de que tu amiga esta discutiendo con su padre, porque el no quiere que ella haga el viaje pokémon, a lo que ella reacciona saliendo de su casa, tu la sigues hasta el Laboratorio y los tres entran.
Conversando con la Profesora, ella les dice que entregó esos pokémon para confiarles la tarea de completar la Pokédex, a lo que ella les invita a realizar el viaje Pokémon. Cuando sales del laboratorio, tu mama se acerca a ti para demostrarte el apoyo que te tiene y luego vuelve a su casa. Tu prosigues al Noreste del pueblo, a la ruta 1.
Ruta 1
Cuando ingresas a la ruta, Beru te dice que la Profesora los espera a los tres para enseñarles a atrapar pokemon. Durante la explicación se revela que la profesora posee un Chiramii. Al finalizar la explicación La Profesora te dice que te esperara en el siguiente pueblo, que está al atravesar la Ruta 1. Es tu oportunidad para subir un poco la experiencia de tu pokemon sin caer debilitado.
Pueblo Karakusa
- Artículo principal: Pueblo Karakusa
Apenas entres al pueblo se divisa un centro pokemon, dirigete allí. Pero la Profesora Araragi estara bloqueando la entrada. Habla con ella y podras entrar, tambien se encontrara Beru, brevemente te explican la función del Centro pokemon, del Pc y por último de la Tienda pokemon.
Cuando sales del edificio, un par de personas estan hablando sobre gente extraña que está en la ciudad, siguelos y podras presenciar el Show, se trata del Equipo Plasma que presenta una formación extraña y un hombre de mayor rango da una charla a los espectadores, ellos cuestionan las cosas que el hombre dice, denotando el descontento con sus palabras. Cuando ellos se retiran tu te quedas junto a Cheren y un extraño personaje aparece, te dice que su nombre es N y el quiere la verdadera justicia para los pokemon, cuando termina su relato comienzan una batalla. Su equipo es el siguiente:
| Choroneko |
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| Nivel 7 |
Al concluir la batalla, N se retira del lugar, al igual que Cheren y tu puedes explorar el pueblo, para luego ir al Noreste y salir de es lugar hacia la ruta 2.
Ruta 2
Al llegar a la ruta 2 tu madre te llamara al C Gear y luego aparecera y te entregara tus Deportivas y se marchara, continua por la hierba y al norte te encontraras con el primer entrenador que tendra un Minezumi al nivel 7.