La flor del tiempo (Time flower en inglés) es un cristal en forma de flor que puede, con ayuda del Aura interior, mostrar imágenes del pasado. Mientras más aura se emplee en esta flor, mayor será el tiempo que permitirá retroceder en la visión del pasado. Se decía que la flor del tiempo estaba extinta, pero se demostró lo contrario. Se encuentra en el Árbol del Comienzo.Aparece exclusivamente en la película Lucario y el misterio de Mew.
Al emplear el aura en esta flor, aparece desde su punta una esfera brillante de la cual luego aparece una especie de holograma que permite a los usuarios de esta flor ver el pasado que en algún momento grabó la flor. Luego de usarla, esta toma una apariencia distinta, como si estuviera marchita.
La flor del tiempo apareció en la película Lucario y el misterio de Mew, donde es utilizada 3 veces. La primera es cuando Ash la usa por accidente al querer plantarla de nuevo por haberla arracando, la segunda ocasion es cuando utilizan la flor del tiempo para ver que es lo que sucedio luego de que Lucario fue encerrado en el Baculo por Sir Aaron y la ultima la usa Lucario, al acercarse a ella les muestra lo que le paso a él y a Sir Aaron.
Se creía que estaba extinta gracias a que se alimenta de aura como las demás flores de agua y sol por eso no se veían mucho ,todo el aura alimentado es recibido al Árbol del comienzo y una parte a Mew. Esta flor tambien se creia solo una leyenda, pues en los tiempos actuales las personas no tienen la capacidad de controlar el Aura, por lo que no podian ver el poder de las Flores del Tiempo.