La flauta negra (Black Flute en inglés, くろいビードロVidro negro en japonés) es un objeto introducido en la tercera generación. Como bien dice el nombre, se trata de una flauta artesanal de color negro, fabricada de cristal soplado a partir de la ceniza volcánica del Monte Cenizo. Su contraparte es la flauta blanca.
Su melodía, a diferencia de las otras flautas de colores, no tiene propiedades curativas, sino que su efecto está más relacionado a los repelentes. Su función consiste en disminuir en un 50% el ratio de aparición de los Pokémon salvajes, que tengan niveles inferiores al del primer Pokémon del equipo; en pocas palabras, el sonido que emite no resulta agradable para éstos y por ende, permite avanzar con mayor facilidad por las distintas áreas/zonas.
Cumple la misma función que el amuleto, pero no que un repelente, ya que no es infalible; solamente logra que los Pokémon aparezcan menos cantidad de veces.
En Pokémon Negro y Pokémon Blanco esta flauta, al igual que las demás introducidas en la tercera generación, no tiene una función en especial, solo sirve para ser puesta en venta.