El fósil raíz (Raíz fósil en hispanoamerica por el anime, Root Fossil en inglés, ねっこのカセキ Fósil raíz en japonés) es un objeto3 introducido en la tercera generación que se trata de un fósil Pokémon. Se trata de un fragmento de piedra en el que se encuentra una silueta con forma de raíz, y flor en la parte superior, grabada, y pertenece a un Pokémon ancestral que vivió en el fondo del mar.
Para revivir el fósil raíz, en la tercera generación se debe acudir a Devon S.A., donde un científico examinará el fósil. De manera similar, en Diamante, Perla y Platino se debe visitar el museo Minero de Ciudad Pirita, mientras que en Oro HeartGold y Plata SoulSilver, el lugar indicado es el museo de la Ciencia de Ciudad Plateada, y en Pokémon Negro/Blanco y Pokémon Negro/Blanco 2, en el Museo de Esmalte hablando con el recepcionista de la derecha.
El Pokémon revivido gracias al fósil raíz es Lileep. La pareja de este fósil por la generación es el fósil garra.
En el desierto de Hoenn, en la ruta 111. Debes elegir entre el fósil garra o el fósil raíz, tras lo cual el fósil que dejes será tragado por las arenas para siempre. Por tanto, solo se puede obtener un fósil y Pokémon por juego.
En el desierto de Hoenn, en la ruta 111, en la Torre Espejismo. Debes elegir entre el fósil garra o el fósil raíz, ya que después se derrumbará la torre y no podrás coger el otro. No obstante, después de derrotar al Alto Mando, puedes obtener el fósil que no escogiste la primera vez en la Gruta Desértica.
Al tratarse de un objeto exclusivo de Plata SoulSilver, se debe intercambiar a un Pokémon de Diamante, Perla, Platino o el mismo Plata SoulSilver con el fósil equipado, para obtener el objeto en este juego.
En el desierto de Hoenn, en la ruta 111. Debes elegir entre el fósil garra o el fósil raíz, tras lo cual el fósil que dejes será tragado por las arenas para siempre. Por tanto, solo se puede obtener un fósil y Pokémon por juego.