El disco bonus se podía obtener solo en Japón y en Estados Unidos habiendo reservado el juego de Pokémon Colosseum.
El CD contiene una demo de Pokémon Colosseum y la película Jirachi y los deseos. Además podías obtener unos Pokémon especiales, dependiendo de la versión:
- En Estados Unidos obtienes a Jirachi siendo una de las pocas maneras de conseguirlo de forma legal.
- En la versión japonesa puedes obtener a Celebi y lo puedes adquirir cuando hayas purificado a los 48 Pokémon oscuros.
- Se debe tener en cuenta que éstos Pokémon sólo pueden ser transferidos a las versiones de Pokémon Rubí y Pokémon Zafiro que sean de la misma región, teniendo el mismo idioma, de lo contrario la transferencia no se logrará.
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