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El disco bonus (Bonus Disc en inglés) se podía obtener solo en Japón y en Estados Unidos habiendo reservado el juego de Pokémon Colosseum.
El CD contiene una demo de Pokémon Colosseum y la película Jirachi y los deseos. Además podías obtener unos Pokémon especiales, dependiendo de la versión. Estos Pokémon sólo pueden ser transferidos a las versiones de Pokémon Rubí y Pokémon Zafiro que sean de la misma región, teniendo el mismo idioma, de lo contrario la transferencia no será posible.
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