Las bases secretas (Secret base en inglés) son escondites que puedes crear en determinados lugares del juego: en copas de árboles, dentro de arbustos y en muescas en la roca. Es una novedad introducida en Pokémon Rubí, Pokémon Zafiro y Pokémon Esmeralda, disponible también en Pokémon Diamante, Pokémon Perla y Pokémon Platino. No tienen ninguna utilidad, simplemente los decoras a tu gusto con objetos que compres (puedes acomodar en tu base 16 objetos como máximo).
Puedes crear solo una al mismo tiempo. Si ya tienes una e intentas hacer otra te dará la opción de mudarte, guardando tus objetos en el PC otra vez.
Pokémon Rubí, Pokémon Zafiro y Pokémon Esmeralda
Una base secreta en Rubí, Zafiro y Esmeralda.
Puedes comenzar a crear bases cuando una persona al lado de un gran árbol en la Ruta 111 te da la MT43 daño secreto. En estas versiones tienes tres opciones para hacer una base secreta: hacerla en la copa de un árbol grande, en un gran arbusto o en un hueco de la ladera de una montaña (a simple vista parece un cuadrado negro). Para crearla es necesario tener en el equipo a un Pokémon que conozca el movimiento daño secreto. Al situarte delante de donde puedes hacer la base secreta, al pulsar 
te pedirá si deseas crear aquí la base secreta.
Además, si mezclas récords con un amigo que también haya creado una base secreta, podrás ver su base si está en un lugar diferente del tuyo, entrar en ella y luchar contra tu amigo (controlado por la máquina) con el equipo que tuviera cuando mezclaron los récords. Es un buen modo para entrenar a tus Pokémon, ya que si tus Pokémon están en un nivel muy elevado y los de tu colega también, podrán retarse en las respectivas bases de tus amigos y entrenar a tus Pokémon, ya que se ganan puntos de experiencia.
En algunas bases secretas hay una especie de agujeros en el suelo que impiden atravesarlos, haciendo inhabitable buena parte de la base secreta. Para solucionarlos, existe un objeto decorativo llamado Tabla que permiten atravesarlos si los colocamos encima del agujero.
Localización del vendedor en la azotea de Ciudad Calagua
Puedes comprar tablas y otros adornos en la azotea del Centro Comercial de Ciudad Calagua, aunque solo se venden esos artículos cuando se anuncia este evento en televisión
. También se venden otros adornos en la Floristería Pitiminí y en una de las casas de Ciudad Arborada.
Lista de objetos
Estos son los objetos que puedes comprar u obtener en Pokémon Rubí, Pokémon Zafiro y Pokémon Esmeralda:
Pokémon Diamante, Pokémon Perla y Pokémon Platino
Base secreta en Diamante, Perla y Platino.
Puedes colocar tu base secreta en cualquier pared del Subsuelo de Sinnoh. De hecho es una tarea que te da el Hombre Topo de Ciudad Vetusta. Al igual que antes puedes comprar decoraciones en el Centro Comercial de Ciudad Rocavelo, pero ahora también habrá personas en el Subsuelo de Sinnoh que te venderán decoraciones a cambio de gemas que te encuentres al excavar.
Para quitar las piedras de las bases secretas, que te impiden poner muebles en el sitio en el que están y te quitan espacio para decorar, tienes que robar banderas a tus amigos. Además es una de las estrellas para la tarjeta de entrenador dorada.
A medida que vayas robando banderas irás consiguiendo diferentes rangos de bandera:
- Normal: la obtienes nada más hacer tu base secreta.
- Bronce: al robar 1 bandera.
- Plata: al robar 3 banderas.
- Oro: al robar 10 banderas.
- Platino: al robar 50 banderas. Al conseguir esta bandera conseguirás quitar todas las piedras, y adquieres una estrella de la ficha de entrenador.
Lista de objetos
Estos son los objetos que puedes comprar u obtener el Pokémon Diamante, Perla y Platino:
Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa
Artwork de una superbase secreta.
En Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa se introduce un nuevo tipo de bases secretas; las superbases secretas. Son una versión mejorada de las bases secretas originales introducidas en Pokémon Rubí y Pokémon Zafiro. También se pueden crear en algunos puntos de las rutas usando el movimiento daño secreto, como por ejemplo en la copa de ciertos árboles especiales
.
Podemos descargar la ubicación de las bases secretas de otros jugadores mediante SpotPass o escaneando un código QR mediante el cual las cámaras de la consola puedan leer la información de esa base. Perico es un aventurero que nos enseñará el funcionamiento de las bases secretas.
Intercambiando datos de la base secreta con otros jugadores, podemos visitar la base secreta del otro jugador y luchar contra él. También podremos invitarle a nuestra base secreta, convirtiéndose así en nuestro amigo secreto. Este aparecerá entonces en nuestra base secreta, donde podremos tener a un número de amigos secretos, con los que podremos interactuar de diferentes formas, pudiendo ayudarnos de alguna forma en nuestra aventura, como por ejemplo ayudando a que los huevos eclosionen antes, o subiendo de nivel a nuestros Pokémon, algo similar a algunos establecimientos de la Galería Unión. Las funciones disponibles para los amigos secretos dependerán de la cantidad de amigos secretos que hayamos conseguido, siendo beneficioso conseguir una gran cantidad de amigos secretos.
Otra actividad que se puede llevar a cabo en las bases secretas es la captura de banderas de la base secreta de otro jugador. Al lado del PC secreto de la base de otro jugador se encuentra la bandera, y podremos capturar una cada día de cada base secreta. Cuantas más banderas se capturen, aumenta el rango de tu equipo, lo que potencia las habilidades de los amigos secretos presentes en tu base. Se puede saber el rango del otro jugador por el color de la bandera.
La base secreta puede decorarse con muebles, tapetes, peluches y otros objetos decorativos. Algunos objetos se pueden conseguir interactuando con los amigos secretos de las bases secretas de otros jugadores.
En el anime
Base secreta en el anime.
Se hace mención de ellas en el episodio Un plan de tres equipos (ES) / Encuentro de tres equipos (HA) ‹№› donde su dueño, un niño llamado Keanu, la pierde porque el Team/Equipo Rocket se la roba para hacer su propia base, aunque más tarde es destruida porque el Team/Equipo Magma descubre que una sus paredes conduce a un túnel secreto que da a unas extrañas ruinas.
En el manga
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